После такого успеха злопыхатели и завистники прикусили языки, а Гейдрих, и не только он, но и набирающий силу Гиммлер по достоинству оценили способности Шелленберга. Летом 1938 года он получил назначение на должность офицера для специальных поручений при рейхсфюрере СС Гиммлере. В ней Шелленберг не задержался. После завершения военной компании в Польше его выдвинули на еще более важный и ответственный участок работы – он возглавил отдел контрразведки в IV управлении (гестапо) РСХА. В новом качестве – контрразведчика Шелленберг проявил незаурядные способности к тонким, многоходовым оперативным комбинациям.
Осенью 1939 года под его руководством и при непосредственном участии была проведена блестящая контрразведывательная операция, нанесшая серьезный удар по британским и голландским спецслужбам. Через агента, проходившего по оперативным учетам германской разведки как Ф-479, Шелленберг под видом капитана вермахта Шеммеля был подставлен на вербовку сотруднику британской спецслужбы майору Стивенсу.
29 октября 1939 года в Голландии, в Гааге, состоялась личная встреча Стивенса с Шеммелем – Шелленбергом. На ней перед британским разведчиком он предстал Гитлеру в качестве представителя подпольной оппозиции, якобы действующей среди офицеров и генералов вермахта. В ходе нее, как позже писал Шелленберг в «Мемуарах»: «…Мы сошлись в следующих пунктах: устранение Гитлера и его ближайших сотрудников; немедленное заключение мира с западными державами; восстановление независимости Австрии, Чехословакии и Польши; отказ от политики экономической автаркии Германии и планового хозяйства, а также возвращение к золотому стандарту. С другой стороны, было учтено и то, что необходимо оставить открытым «клапан» для немецкого населения, возможно, путем возвращения германских колоний. Решение, к которому мы пришли, было записано и послужило основой для телефонного разговора майора Стивенса с центральным управлением разведки в Лондоне. Примерно через полчаса он вернулся и сообщил, что Лондон положительно отнесся к предварительным результатам переговоров…»
В заключение встречи англичане – коллеги Стивенса – капитан Бест (для него, как оказалось, те дни стали далеко не лучшими в карьере) и лейтенант Коппер передали Шеммелю – Шелленбергу английский радиоприемник, передатчик; кроме того, разработали специальный шифр и дали позывной 0Н4. Имея на руках такие козыри, которые позволяли сыновьям лавочников и булочников ткнуть как следует в нос спесивым лондонским сэрам и пэрам, Гиммлер после согласования «английского вопроса» с Гитлером решил одним махом покончить с операцией и шпионами. Ее ход подтолкнуло несостоявшееся покушение на Гитлера, произошедшее 8 ноября во время его выступления в мюнхенской пивной «Бюргер Бройкелер». Взрывное устройство, заложенное рабочим Георгом Лейзером, унесло жизни 8 человек, 60 были ранены. Фюрер не пострадал, он покинул пивную за 10 минут до взрыва.
На следующие сутки, ранним утром 9 ноября 1939 года Шелленберг и группа захвата из 12 спецназовцев СС отправилась к границе с Голландией. Шелленберг пересек ее, въехал в небольшой голландский городок Венло и остановился в обусловленном со Стивенсом месте – кафе. Группа захвата затаилась в нескольких сотнях метров в таможенном терминале на германской стороне. Мучительно медленно тянулось время, когда наконец появились Стивенс, Бест и Коппер – офицер голландского Генштаба. Шелленберг подал сигнал. В дело вступила группа захвата. Несмотря на стремительность и слаженность в ее действиях, перестрелки избежать не удалось. Англичане тоже подстраховались и подтянули к месту явки группу прикрытия.