Важнейшей новостройкой того периода являлся мост Хонигбрюке. Из-за особенностей взаиморасположения и взаимоотношений трёх городов Кёнигсберга каждый мост через Прегель всегда являлся вопросом не только техническим или транспортным, но и делом политическим. Это видно на примере уже описанных споров по поводу строительства моста Хоэ Брюке. После того, как данный спор решился в пользу Альтштадта, Кнайпхоф приложил все усилия к тому, чтобы с помощью моста между островом и рынком Линденмаркт заполучить доступ к новому торговому пути, ведшему по дамбе Вайдендамм и через мост Хоэ Брюке в Натанген. После того, как Кнайпхоф внёс деньги на строительство гимназии, герцог в 1542 году разрешил построить данный мост. Происхождение его названия «Хонигбрюке» (Медовый мост) неизвестно. Он был седьмым по счёту мостом через Прегель. Их количество на протяжении 300 лет оставалось неизменным. С тех пор излюбленной игрой горожан стала попытка перейти все семь мостов, не ступив ни на один из них дважды. Даже великий математик Леонард Эйлер занимался этой «Кёнигсбергской задачей» и доказал в 1763 году в отдельном труде, что она неразрешима. О численности населения Кёнигсберга, из-за отсутствия надёжных источников, можно лишь предполагать. Вероятно, Кёнигсберг в 1550 году имел 14000 жителей (в Риге проживало 8000, в Данциге — 26000, в Любеке — 25000).　

Вторая половина правления герцога Альбрехта была столь же несчастной, насколько счастливой была первая. Его второй неудачный брак с Анной Брауншвейгской принёс ему долгожданного наследника Альбрехта Фридриха, родившегося в замке Нойхаузен близ Кёнигсберга. Однако тот с детства остался умственно отсталым, несмотря на все воспитательные меры отца и приглашённого хофмейстера Якоба Шверинского. К семейному горю прибавились ещё и осиандерские споры, упадок университета и, наконец, разногласия с сословиями. Не удивительно, что Альбрехт в своём преклонном возрасте стал недоверчивым и утратил ясность суждения.　

Всё это вылилось в губительные последствия, когда доверием Альбрехта завладел авантюрист Пауль Скалих. Этот неизвестного происхождения ловкий хорват имел за плечами хитросплетённый жезненный опыт. Якобы преследуемый за веру, он жил в Виттенберге, когда Альбрехт, много слыхавший о нём и двор которого был открыт всем гонимым, в 1561 году пригласил его в Кёнигсберг. Скалих охотно приехал. 26-летний молодой мужчина пленил 71-летнего герцога подкупающими манерами, универсальным образованием и каббалистической мистикой. Вскоре он стал его всемогущим любимцем. Согласно своему сословному рангу Скалих жил в названном в его честь Скалихиенхофе, обширном комплексе между трагхаймскими улицами Кирхенштрассе и Вальшенгассе; последняя значит «улица чужеземца» и была названа так в его честь. Альбрехт назначил его придворным советником с большим жалованьем и завещал ему город Кройцбург. К неудовольствию профессоров Скалих читал студентам лекции, в которых он главенствующей философии Аристотеля противопоставлял учение Платона. Он писал книги, которые печатал у Даубманна. Скалих заворожил не только двор, без него не обходилось ни одно политическое событие. Он занимал сторону партии осиандристов и герцога Иоганна Альбрехта Мекленбургского. Последний, благодаря своей женитьбе на Анне Софии, дочери Альбрехта от брака с Доротеей, в 1555 году стал зятем герцога. Он надеялся, что после смерти последнего станет регентом слабоумного Альбрехта Фридриха. Вероятно, Скалих убедил Альбрехта в новом завещании назначить опекуном сына не своего племянника Георга Фридриха Ансбахского, а именно Иоганна Альбрехта Мекленбургского, гарантировав ему права наследника Пруссии. Скалих был столь могущественным, что вытеснил со двора старых советников герцога, среди них и такого видного государственного деятеля, как Иоганна фон Крайтцена, почти 40 лет прослужившего канцлером. Скалих сам назначал новых советников. Он обольстил старого герцога, обманывая его заклинанием духов и каббалистическими магическими формулами, и хитростью добился привилегии, которая давала ему возможность мстить за каждую нанесённую ему обиду.