Конфликт Альбрехта с сослоиями грозил вооружённым столкновением, когда герцог завербовал 1000 наёмников якобы для поддержки Дании, на самом же деле, чтобы подавить сопротивление сословий. В разгар кризиса, в сентябре 1563 года, с Альбрехтом случился апоплексический удар, парализовавший и сделавший его почти недееспособным. Не было рядом никого, кто бы смог дать ему верный совет. Его советники либо были уже мертвы, либо отдалены от двора. Функ же полностью находился во власти Скалиха, и возможно, был им подкуплен. Всё это в 1566 году вылилось в политическую и человеческую трагедию.　

Многие ландтаги уже давно требовали отставки Скалиха. Альбрехт же не отпускал своего любимца, и 18 января 1566 года распустил ландтаг. Элиас фон Канитц, признанный лидер антискалихской оппозиции, отправился в Польшу, чтобы вручить покровителю-сюзерену жалобу. Сигизмунд Ⅱ Август, имея хорошие отношения со своим кузеном Альбрехтом, решил использовать роль третейского судьи, чтобы крепче привязать Пруссию к Польше. Это был период стремления к объединению Польши с Литвой накануне заключения Люблинской унии^>{45}. В августе он отправил в Кёнигсберг большую комиссию для расследования дела. Скалих, не дожидаясь её прибытия, под надуманным предлогом заранее покинул Кёнигсберг. Девять лет спустя этот беспокойный человек, шарлатан, сыгравший свою роль на сцене большой истории, умер в Данциге.　

Переговоры между герцогскими советниками, сословиями и польскими комиссарами привели к процессу, в котором советники Функ, Матиас Хорст, Иоганн Шнель и библиотекарь Кристиан Иоганн Штайнбах оказались обвиняемыми, сословия — обвинителями, герцог — формальным судьёй, а поляки — верховными третейскими судьями. Председательствовал кнайпхофский городской судья Доминикус Пербандт. Под колокольный звон обвиняемые с воплями предстали перед судом. Им приписывалось нарушение общественного согласия в стране, склонность к еретическому осиандерскому учению, вытеснение герцогских советников и поддержка проходимца Скалиха. 18 октября они под страхом грозящих пыток признали свою вину и были приговорены: трое к смертной казни, а тяжело больного Штайнбаха выслали из страны. 28 октября на площади перед кнайпхофской ратушей палач Адам Пранг казнил Хорста, Функа и Шнеля. Присутствующий народ сопровождал казнь еретиков набожными песнями. Все три трупа бросили в общую яму на Хабербергском кладбище.　

Эта публичная казнь была единственной в истории Кёнигсберга, местом проведения которой была рыночная площадь. С юридической точки зрения она ошибочна, с политической — воспринимается как акт разногласия земельного правителя с сословиями, решённого польским сюзереном в духе своей конституции.　

Сословия и лютеранские священники завершили свой триумф над герцогским правлением и осиандризмом, пригласив в город Мёрлина. Встреченный ликующими горожанами, он 9 апреля 1567 года прибыл в Кёнигсберг. И вновь он обрушился с кафедры на явных и тайных^>{46} кальвинистов, филиппистов^>{47} и осиандристов. Сословия и синод приняли новые церковные правила, которые провозгласил герцог. Все теологи были обязаны их подписать и следовать им. Эти правила оставались в силе долгое время. Лишь в 1702 году было сделано исключение, когда в качестве университетского преподавателя допустили придворного проповедника-кальвиниста Конрада Меля. Польские комиссары ещё раз прибыли в Кёнигсберг в 1567 году, чтобы решить спор о вторичном введении сана епископа. И снова они заняли сторону сословий. Мёрлин достиг цели своего честолюбия, став епископом Самландским. Уже будучи больным человеком, он до самой смерти, наступившей 7 мая 1571 года, оставался непреклонным борцом за то, что признавал правильным.