Ослабевшего душой и телом герцога, ожидавшего смерти в охотничьем замке Тапиау, эти споры уже не коснулись. Он умер 20 марта 1568 года. В тот же день в замке Нойхаузен скончалась и его жена Анна Мария. Из-за усопших спор затих. Герцогскую пару похоронили в Кафедральном соборе, в княжеском склепе, рядом с герцогиней Доротеей.

В год смерти герцога Альбрехта его сыну Альбрехту Фридриху исполнилось 15 лет. И хотя его уже в 17 лет объявили совершеннолетним, а в 1573 году он женился на Марии Элеоноре, старшей дочери герцога Вильгельма Юлих-Клевебергского, он никогда не был способен управлять государством. Верховные и правящие советники-дворяне руководили Пруссией, извлекая выгоды для себя и для своего сословия. В Кёнигсберге отпраздновали роскошную свадьбу, но вскоре меланхолия герцога перешла в душевную болезнь. До конца своей жизни — а умер он 28 августа 1618 года, — таким образом, в течение ещё 45 лет этот «слабоумный государь» не был способен управлять страной, а Мария Элеонора до самой своей смерти в 1608 году была прикована к этому больному человеку, которому родила пятерых детей. Пруссия была в это время «дворянской республикой», и герцогиня была настолько умна, чтобы не вмешиваться в политику. Однако она упорно и целеустремлённо стремилась выгодно выдать замуж своих дочерей и преуспела в этом.　

Вместе с Элеонорой, либо по её приглашению в Кёнигсберг прибыли некоторые граждане из Юлиха, как например, художник и резчик по дереву Антониус ван Мильдерт. Он женился в Кёнигсберге и стал отцом известного скульптора Ханса ван Мильдерта, который учился скульптурному делу в своём родном городе, но вскоре переехал в Антверпен и там стяжал себе славы.　

Политическому и культурному застою Пруссии под господством правящих советников был положен конец, когда герцог Георг Фридрих Бранденбург-Ансбахский и Байройтский, двоюродный брат «слабоумного государя», принял опёку над больным герцогом и управление Пруссией. Против воли сословий, которые почувствовали опасность своему своекорыстию, он в 1578 году добился от польского короля Стефана Батория право опёки над Альбрехтом Фридрихом, а также на герцогский титул и ленное право в Пруссии. 21 мая на площади перед замком граждане Кёнигсберга очень неохотно присягнули ему на верность. Георг Фридрих прожил в Пруссии с короткими перерывами лишь восемь лет, но этому деятельному правителю удалось настолько укрепить свой авторитет среди сословий, что он до самой смерти (1603) мог управлять Пруссией из Ансбаха.　

Как в своё время гохмейстер Фридрих привлёк своих саксонских, герцог Альбрехт — франконских, Мария Элеонора — юлихских земляков, так вместе с герцогом Георгом Фридрихом в Кёнигсберг ко двору для управления государством прибыли многие ансбахцы. Они стали помощниками в деле, которое Георг Фридрих теперь начал. В своих франконских сословных землях и в своём силезском герцогстве Егерндорф герцог зарекомендовал себя способным суверенным правителем. Накопленный там опыт он применил в Пруссии. Не было ни одной области управления, экономики или культуры, в которой он не принимал бы деятельного и инициативного участия. Вместе с земляками-ансбахцами он организовал франконскую канцелярию, действовавшую наряду с прусской. И точно так же в замке существовало два двора: прусский Марии Элеоноры, находившийся в известной степени в тени, и франконский Георга Фридриха и его супруги.