Когда Георг Фридрих в 1586 году поехал в Ансбах, то не предполагал оставаться там надолго. Однако многочисленные политические задачи задерживали его возвращение в Пруссию. Таким образом, он отсутствовал в Кёнигсберге, когда в 1589 году там дружески встречали нового короля Польши из династии Ваза, чествуя его упомянутыми праздниками. Он не присутствовал и на великолепной свадьбе, которую Мария Элеонора 20 октября 1594 года устроила в Кёнигсберге своей дочери Анне. Благодаря ей Мария Элеонора вышла, наконец, из долгого добровольного затворничества.　

Бранденбургские курфюрсты уже в 1563 году получили Пруссию в лен, и это ленное право потом неоднократно возобновлялось. Возможность продолжения ленного договора возросла после венчания принцессы Анны с курпринцем Иоганном Сигизмундом. Свадьба обошлась в три раза дороже, чем оценённое в 45 тысяч марок приданное невесты. На ней присутствовали пять немецких герцогов, посланники императора и королей Польши и Дании. Много дней длились турниры, маскарады, фейерверки и факельные шествия. С флагами в руках горожане выстраивались в шеренги, слышна была салютная пальба. Курпринц и его молодая супруга покинули Пруссию вскоре после свадьбы. Георг Фридрих правил своим герцогством из Ансбаха. Только в 1601 году он решил, что настало время послать Иоганна Сигизмунда в Кёнигсберг, чтобы познакомить его с делами. Мария Элеонора замкнулась в тиши своего двора. Она умерла в 1608 году.

В это время Кёнигсберг вновь подвергся нашествию чумы. Она началась в октябре 1601 года в результате неурожая и была занесена в город голодавшими крестьянами. Эпидемия была тяжелее тех, которые свирепствовали в 1564, 1580 и 1597 годах. В Кёнигсберге еженедельно умирало от 500 до 600 человек, и к концу августа 1602 года умерло около 12 тысяч человек, среди них бургомистры Альтштадта и Кнайпхофа. Город опустел. Рынки и университет закрыли, все праздники в юнкерхофах и гемайнгартенах были запрещены. Многие жители бежали в ближайшие леса. Постовые у ворот города и на лодках на Прегеле заботились о том, чтобы никто не проникал в город. Для устранения «трупного воздуха» на улицах сжигали можжевельник. Дома, в которых лежали больные, отмечали белыми простынями и заколачивали, а пищу больным ставили перед дверью. Мёртвых было так много, что кладбища не могли всех вместить и жертвы эпидемии хоронились в общих могилах за чертой города. Церковный обряд захоронения соблюдался, но колокольный звон, который только увеличивал бы страх живых, запретили. Ещё в 1567 году вышел указ построить за воротами каждого города чумной дом для изоляции больных. Эти дома возвели в ноябре 1602 года; когда эпидемия наконец-то стихла.　

Когда в 1603 году в Ансбахе умер Георг Фридрих, ещё не было известно, кто из бранденбургских курфюрстов станет его преемником в Пруссии, в неизвестности пребывали даже тогда, когда правящий курфюрст Иоахим Фридрих, за год до этого овдовевший, женился на Элеоноре, младшей сестре своей невестки, став таким образом свояком своего сына. Заслуга в том, что польский король признал бранденбургских курфюрстов в качестве правящего дома, принадлежала ловкому бургграфу Фабиану цу Дона и бургомистру Кнайпхофа Михаэлю Фризе. Цу Дона являлся главой сторонников Бранденбурга в Пруссии и душой проекта по организации всеобщей обороны государства, которая отклонялась недальновидными гражданами Кёнигсберга. Фризе был юристом и позднее стал президентом консистории. Только благодаря финансовым и политическим уступкам Иоахим Фридрих добился в 1605 году признания Польшей. Болезненный и уже в молодом возрасте потрепанный жизнью, он задержался в Кёнигсберге всего на несколько месяцев. Передав правление верховным советникам, он выпустил из рук всё, что Георг Фридрих сделал для укрепления княжеского авторитета.