После ранней смерти Иоахима Фридриха Иоганн Сигизмунд вынужден был платить за преемничество в Пруссии новыми уступками, как-то: выплатой ежегодной дани, введением григорианского календаря^>{49}, расширением апелляционного права, строительством в Кёнигсберге католической церкви. После долгих переговоров курфюрст добился в 1611 году ленного права на Пруссию, но сословия не спешили присягнуть ему на верность. Присягнули граждане Кёнигсберга новому удельному князю лишь 16 октября 1612 года. Их сопротивление было вызвано не только гражданским эгоизмом, но и непритворной озабоченностью о сохранении лютеранского учения. Согласно Люблинской привилегии 1569 года в Пруссии признавалось действительным лишь Аугсбургское^>{50} (лютеранское) исповедание. Но герцог к тому времени перешёл к кальвинистам, а католический верховный сюзерен стремился в ходе контрреформации восстановить католицизм во всех подвластных ему землях.　

В это время евангелические церкви в Риге и Торне, а вскоре и в Эль-бинге были вновь преобразованы в католические, а в 1611 году польские комиссары потребовали у ландтага передачи им двух лютеранских церквей Кёнигсберга. Лишь после того, как сословия отклонили это требование, было достигнуто соглашение о строительстве новой церкви. Город под неё землю не выделил, и курфюрст возвёл её на собственной земле и на собственные средства в слободе Закхайм, неподалеку от церкви св. Елизаветы. В декабре 1616 года она была освящена епископом Куявийским. Так как она являлась единственной католической церковью во всём бывшем епископстве Самландском, папа Римский передал её в ведение епископству Эрмландскому и назначал туда священниками в основном выпускников браунсбергского лицея Lyzeum Hosianum. Так как католики жили разбросанно по всему городу, то их община была первой, которая была организована по персональному принципу. Первоначально среди прихожан было мало зажиточных граждан, большинство принадлежало к нижним слоям общества. Эту церковь посещали и приезжавшие в город поляки-католики, поэтому было поставлено условие, чтобы священник умел читать проповеди по-польски. Но сама католическая церковь не была польской. Ещё в 1644 году епископ Эрмландский не признал предложенную ему кандидатуру священника на том основании, что тот не говорит по-немецки, а кёнигсбергская католическая община в большей степени является немецкой, чем польской.　

Для кёнигсбергских лютеран кальвинисты являлись более опасными противниками, чем католики. Переход курфюрста к кальвинистам вызвал бурю возмущения во всей Пруссии, в особенности, и это естественно, среди духовенства и в университете. Профессора и священники в своих полемических статьях и проповедях ожесточённо выступали против реформатской «чумы», хотя поначалу в Кёнигсберге кальвинистов было немного. В основном это были чиновники и придворные, а также голландцы и шотландцы. Они не имели собственной церкви. Молодой придворный священник-кальвинист Иоганн Кроциус в 1616 году провёл первую реформатскую службу в одном из маленьких помещений замка, а через полгода впервые совершил причастие по реформатскому ритуалу.