Англичане увеличили свою долю в морской торговле Кёнигсберга до шести процентов и занимали тем самым второе место, хотя и сильно отставали от голландцев. Кёнигсбергские судовладельцы имели лишь небольшое количество кораблей, и то маленьких.
Сто лет Пруссия, находясь в тени большой политики, не была тронута войнами. Но теперь она была втянута в войну, которую шведский король Густав Адольф вёл против Польши. Эта война была борьбой за господство над Балтикой и одновременно походом контрреформации против протестантства. Герцогство в военном отношении было слабым, а политически находилось в вассальной зависимости от Польши. В вопросах веры Пруссия имела больше общего с Швецией, чем с католическим сюзереном и реформатским правителем, которому не доверяли. К тому же курфюрст находился в Берлине, когда Густав Адольф летом 1626 года перенёс военные действия из Лифляндии в Пруссию, заняв 6 июля Пиллау. От прусских сословий, которым принадлежала власть, и особенно от Кёнигсберга он потребовал нейтралитета, намереваясь обезопасить себя с тыла, чтобы успешно выступить против Эльбинга и Данцига. В военном плане город к боевым действиям не был готов. Средневековые укрепления находились в таком же упадке, как и желание горожан обороняться. Для приготовлений времени и не было, так как утром 11 июля альтштадскому муниципалитету передали письмо Густава Адольфа с ультимативным требованием в течение трёх дней объявить нейтралитет. Сначала бургомистр Альтштадта Хиоб Лёпнер, юрист по профессии, который многие годы являлся секретарём муниципалитета, попытался добиться отсрочки. Густав Адольф не дал её, настаивая на том, чтобы горожане быстрее приняли решение о том, хотят ли они нейтралитета или же выступят на стороне Польши. Так как городу в случае отказа грозило разорение и сожжение, то собрание советников, судебных заседателей и представителей общин, стало быть всех граждан, постановило принять требуемый нейтралитет. Предводителем новой миссии, которая выехала в шведский лагерь, расположенный в Мариенбурге, был профессор права Хеннинг Вегнер, основательно изучивший государственно-правовые отношения между Пруссией и Польшей. Четыре дня миссия вела переговоры с Густавом Адольфом, пока тот наконец не подтвердил права города на свободную торговлю и безопасность. Шведы своё слово сдержали. Ни один шведский солдат не вошёл в Кёнигсберг. Курфюрст согласился со статусом нейтралитета. Сигизмунд Ⅲ был, конечно же, возмущён Мариенбургским договором и пытался предупреждениями, обещаниями и угрозами перетянуть город на свою сторону, но безуспешно.
В совершенно иную ситуацию горожане попали, когда курфюрст в феврале 1627 года с дружиной в несколько сотен человек вступил в Кёнигсберг. В свою очередь город завербовал 300 наёмников. Курфюрст потребовал, чтобы они встали под его начало, так как, по его мнению, города на подвластной ему территории не имеют права содержать собственные войска. Вегнер, ставший бургомистром, со своей стороны, воспротивился тому, чтобы солдаты курфюрста находились в нейтральном городе. Курфюрст не смог осуществить своё намерение. Кёнигсберг остался нейтральным, как впрочем, и по отношению к польской миссии, прибывшей в город в конце июля. В октябре в Эльбинге Вегнер вновь вступил в переговоры с Густавом Адольфом о продлении перемирия. В то время канцлер Оксеншерна рассчитывал на присоединение Кёнигсберга к Швеции, так как «город был покинут курфюрстом, Польша притесняла его экономически, и только Швеция относилась к нему хорошо». Но Кёнигсберг желал оставаться для всех сторон нейтральным и вёл через миссию под началом Хиоба Лёпнера переговоры с польским королём в Варшаве. Перемирие, заключённое между Швецией и Польшей в Альтмарке