Положение Кёнигсберга в сплетении торговых путей во времена герцога не отличалось от того, которое он занимал в орденском государстве. Город лежал на середине пути, который вёл из Данцига через залив Фришгаф, реки Прегель и Мемель в Кауэн. Городу Данцигу, благодаря опыту, богатству и большой активности его купцов, ещё долго принадлежало первенство на этом пути, хотя доля кёнигсбергских купцов в товарообороте после закрытия Орденского Торгового двора увеличилась, так как герцогская администрация самостоятельно торговлей не занималась. Ассортимент товаров также остался прежним, увеличился лишь ввоз леса из Литвы.　

Неоднократные попытки герцога создать прусский военный флот встречали упорное сопротивление купечества. Тот флот, что базировался в Кёнигсберге и в укреплённом с 1550 года Пиллау, состоял лишь из нескольких кораблей, выполнявших и торговые рейсы. Он никогда не участвовал в морских сражениях и бесславно пришёл в упадок.　

Ведущее место в прибалтийской торговле, наряду с купцами из Данцига, принадлежало голландцам. Тем самым мы затрагиваем тему, более двух веков вновь и вновь определявшую экономику Кёнигсберга: отношение местных купцов к приезжим. Эти приезжие, сначала голландцы, а затем англичане и французы, бежали от преследований за веру, но были не лютеранами, как кёнигсбержцы, а кальвинистами. Тот факт, что в силу своего кальвинистского мировоззрения они приносили с собой в Пруссию из своих экономически передовых стран новые, капиталистические методы хозяйствования, делало их в глазах местных купцов вдвойне подозрительными и ненавистными. Правда, действовал старый принцип — гость не торгует с гостем, но чужестранцам удавалось обойти его, пользуясь услугами фирм местных купцов, рассматривая их не в качестве партнёров, а в качестве посредников, так как им выплачивались комиссионные.　

Примерно в середине века из всех заходивших в Кёнигсберг торговых судов лишь четвёртая часть ходила под голландским флагом, однако на её долю приходилась почти половина обрабатываемого груза. Очень скоро голландские купцы стали жить в лучших домах Кнайпхофской Ланггассе. Герцог защищал их от всех нападок. Когда муниципалитет Кнайпхофа в 1538 году бросил нескольких голландцев в тюрьму, лишив их гражданских прав, герцог написал следующие слова: «Давайте жить с этой нацией, как и с другими, в равенстве, как это было с древних времён, с тем, чтобы не возникало разобщения наций». Но именно разобщения желало эгоистичное кёнигсбергское купечество, думавшее только о своей выгоде. Принципом же прусской государственной политики уже тогда, за 200 лет до Фридриха Великого и Лессинга, являлось равноправие наций.　

Помимо уже упомянутых голландцев при герцогском дворе, торговых представителей и самих купцов, в Кёнигсберге находилось также большое количество нидерландских ремесленников: бондарей, красильщиков, суконщиков, ткачей. Они привозили со своей родины разнообразные методы и навыки работы, не известные в Пруссии. Это являлось причиной многих ссор с местными мастерами. Удобным средством ведения борьбы с неугодными конкурентами было подозрение голландцев в ереси. Лёбенихтскому пастору, к общине которого принадлежали нидерландские купцы, жившие в Россгартене, в 1543 году вменили в обязанность проэкзаменовать их на предмет истинной веры. В случае выявления отклонений от верного учения и если они не отказывались от своих убеждений, купцов изгоняли. Ещё в 1559 году герцог запретил всем гражданам сдавать жильё голландцам, если президент консистории не удостоверил их истинной веры.