Если Альбрехт с приглашением Функа, Мёрлина и Осиандера рассчитывал углубить духовную жизнь Пруссии, то этого не произошло, или произошло во всяком случае не так, как Альбрехт себе это представлял. И по той простой причине, что эти теологи использовали свой арсенал знаний не для дела, а для споров между собой. Инициатором был очень самоуверенный и дерзкий Осиандер, питавший надежду стать епископом Самландским. Спор разгорелся, когда Матиас Лаутервальд из Эльбинга, ставший магистром в Виттенберге, ответил двенадцатью контрпунктами на тезисы Осиандера, которые тот выдвинул во время дискуссии при вступлении в должность 5 апреля 1549 года. Речь шла о центральном вопросе протестантства, а именно: о правильном понимании оправдания. Теологическая комиссия под председательством Сператуса высказалась против Лаутервальда, и тому пришлось покинуть Пруссию. Спор, однако, продолжался и привёл к расколу всего Кёнигсберга, как в среде духовенства, так и среди горожан, на две противоборствующие партии. На стороне Осиандера были герцог, его советники и придворные проповедники. Красноречивым представителем противоположной стороны являлся Мёрлин. Во время богослужений произносились ругательства в адрес друг друга, и когда Осиандер в 1549 году умер от чумы, его тело пришлось выставить в Альтштадтской церкви, чтобы все смогли убедиться, что чёрт не свернул ему шею, как утверждали слухи. Спор и после этого не утих, так как зятья Осиандера Андреас Аурифабер и Иоганнес Функ воспринимали его как завещание усопшего. Началом триумфа осиандристов явилось вступление Аурифабера в 1553 году в должность ректора университета. Правда, он едва не погубил молодой университет, так как известнейшие педагоги либо оставляли профессуру сами, либо принуждались к этому. Вместе с ними уходили многие студенты. В том же году изгнали из страны Мёрлина, а с ним и коллегию Соборной школы. Свою победу сторонники Осиандера увенчали отчислением в 1555 году Сабинуса. Он был последним профессором, назначенным в должность ещё при основании университета.　

Между тем дальнейший спор переместился из религиозной сферы в политическую. Оба прусских епископа скончались вскоре друг за другом: Поленц в 1550 году, Сператус в 1551 году. Герцог, желая укрепить свое суверенное могущество, заменил влиятельные (представленные в ландтаге) должности епископов на менее значимые функции консисторий, не представленных в ландтаге. Этим он погрешил против сословных привилегий. На одной стороне теперь стоял стареющий герцог со своими советниками, часто фаворитами, не всегда заслуженно пользовавшимися его милостью, а на другой — сословия, ревниво защищавшие свои привилегии от придворной свиты. Альбрехт, уставший от спора, занемогший от болезней и семейных неприятностей, всё больше и больше становился игрушкой в руках противобоствующих. За всеми этими конфликтами стоял вдобавок король Польши, желавший расширить свою власть сюзерена в Пруссии. Концовкой в споре стала катастрофа 1566 года. Прежде, чем обратиться к этой для истории Кёнигсберга важной сословной революции, следует несколько слов сказать об экономике и населении города.