Меланхтон проявил к школе живой интерес и рекомендовал подходящих педагогов. Однако она не особо процветала, пока Меланхтон, хотя и не без сомнений, не предложил на пост директора своего зятя Георга Сабинуса (настоящая фамилия Шулер). Уже во время своего первого визита в Кёнигсберг Сабинус, благодаря своему красноречию, склонил герцога к тому, чтобы провести немедленную реорганизацию гимназии в университет, хотя это было запланировано на более поздний срок. Прежде, чем составили уставы и привлекли учителей, в июле 1544 года в специальном печатном издании торжественно объявили о создании университета. Там же высказывалось ожидание, «что наша академия принесёт пользу и многочисленным великим народам, живущим на Восток и Запад от границ Пруссии». Уже 17 августа герцог пышной церемонией открыл новую высшую школу. Альбертина, как назвали университет, являлась творением правителя страны и навсегда сохранила характер Королевского Альбертус-университета, как его называли впоследствии. На университетской печати, автором которой был Сабинус, изображён поясной портрет герцога без головного убора, в латах и с обнажённым мечом. Этот «Альбертус» в ⅩⅨ веке перекочевал на значок кёнигсбергских студентов. Даже имея неограниченные полномочия в собственном княжестве, ни один правитель той эпохи, однако, не мог основать университета. Для этого требовалось согласие императора и папы Римского. Так как от них бесполезно было ожидать каких-либо привилегий для Альбертины, то Альбрехт в конце концов в 1560 году, то есть через шестнадцать лет после основания университета, обратился к своему сюзерену, королю Польши, который наделил Альбертину правами Краковского университета и полным самоуправлением.
На фоне яркой личности первого ректора университета Сабинуса другие профессора отходили на задний план, хотя и среди них было немало талантливых учёных. Их число возросло за счёт того, что герцог назначил главных пасторов трёх городских церквей профессорами теологического факультета, а позднее советников придворного суда возвёл в ранг профессоров юридического факультета. Эта связь науки и практики существовала в Кёнигсберге долго. В Альтштадте должность пастора отделили от совмещения с профессорской деятельностью лишь в 1897 году.
Религиозные волнения, нанёсшие делу Лютера большой урон, привели и Альбертину спустя несколько лет после её основания к серьёзному кризису. Упрямо, с пристрастием спорили теологи в диспутах и проповедях, в своих рецензиях и в религиозных беседах об истинной вере. Поскольку протестантство в качестве высшей инстанции не имело ни папы, ни церковного Собора, то верховный правитель страны как summus episcopus>{44} персонально принимал те или иные решения по возникавшим проблемам.
На три основные пасторские должности в Кёнигсберге Альбрехт назначил в это время изгнанников. Так, Иоганнес Функ из Нюрнберга стал главой церкви в Альтштадте, а вскоре и придворным проповедником, референтом по вопросам теологии и исповедником герцога, всецело доверявшего земляку. Иоахим Мёрлин, пылкий борец за веру, который в своём родном городе Виттенберге был капелланом у Лютера, стал пастором и преемником Брисманна в Кафедральном соборе. Франконец Андреас Осиандер, один из известнейших евангелических теологов, привлёкший на сторону Лютера тогдашнего гохмейстера, в 1548 году переехал в связи с интеримом из Нюрнберга в Бреслау и оттуда предложил герцогу свои услуги. Альбрехт с радостью согласился и доверил ему пасторат в Альтштадте и, несмотря на возражения профессоров, кафедру в университете.