Орденские рыцари ждали, что предпримет их гохмейстер. Большинство из них, последовав его решению, приняли евангелие и остались в стране. Последний комтур Михаэль фон Драге был первым членом Ордена, сочетавшийся браком. Переехав в Шёнберг, он стал там окружным начальником. Некоторые священнослужители не могли решиться сменить веру. Другие под давлением вынужденно принимали новое учение. Так сложилось, например, у трёх братьев Вайблингенов и у Генриха фон Милтитца, ставшего одним из самых плодотворных поэтов эпохи Реформации и особо приближённым лицом герцога.　

Наиболее деятельным представителем молодого поколения был Фридрих фон Хайдек, земляк и друг Альбрехта, сопровождавший гохмейстера в поездке по Германии. Вместе с ним он стал там приверженцем учения Лютера. После возвращения он рьяно проводил в жизнь идеи Реформации и секуляризации. Летом 1524 года Хайдек пригласил друзей и единомышленников из Ордена и поместного дворянства на совещание в Бартенштайн, в котором участвовали также епископ Поленц и Кристоф Гаттенхофен, секретарь и камермейстер Альбрехта. Подготовив почву, они на своём собрании в Кёнигсберге 7 декабря 1524 года приняли решающие постановления. Обстоятельства выглядели таким образом, что ни Реформация, ни секуляризация не могли быть проведены без согласия польского короля. Поэтому требовалось достичь соглашения с Польшей, что являлось особенно важным, так как через несколько месяцев истекал срок четырёхлетнего перемирия, а у Альбрехта не было никакой надежды на успешное продолжение войны. В результате прусская миссия, в которую входили бургомистры Николаус Рихау из Альтштадта и Криспин Шёнберг из Кнайпхофа, отправилась в Краков, где 8 апреля 1525 года был заключён мир^>{37}.　

26 апреля посланники возвратились в Кёнигсберг и известили собравшуюся в церкви Альтштадта общину о заключении мира. 9 мая новый герцог торжественно въехал в свою столицу. В конце мая в Кёнигсберге состоялось заседание ландтага, в котором приняли участие и польские комиссары. Все собравшиеся, и прежде всего епископы Самландский и Помесанский, присягнули на верность герцогу Альбрехту. Таким образом, место чёрного креста, 300 лет являвшегося символом Ордена и его государства, занял чёрный орел Гогенцоллернов. Чёрно-белые цвета, под которыми Пруссия вошла в историю, продолжали жить в чёрно-серебряной палитре гогенцоллерновского фамильного герба, завоевав в качестве прусских цветов новую славу.

Социальные волнения, сопровождавшие Реформацию, не были вызваны учением Лютера. Однако они усиливались из-за того, что простой люд понимал это учение так, будто вся иерархическая прослойка между князем и его подданными является противозаконной. Они хотели отменить старые социальные различия в пользу общей свободы каждого христианина. Так понимали Евангелие крестьяне, так его воспринимали ремесленники и рабочие в городах. В Данциге простой люд поднялся против муниципалитета, свержение которого удалось предотвратить лишь благодаря вмешательству польского короля. По сравнению с Данцигом социальное движение в Кёнигсберге выглядело смирным.