А между тем Таттенхофен известил о событиях Поленца и герцога. Поленц прервал свою поездку по Мазурии, остановился, однако, в Бартене. Прибыть в Кёнигсберг он не решился: «Они называют меня церковным грабителем, требуют моего колесования, считают, что я похитил серебро из церквей». Волнения в городе нарастали. К дворянам, сбежавшим сюда от крестьян, с вызовом приставали на улице. Гаттенхофен взял наёмников для охраны замка и приказал направить пушки на город, что опять-таки вызвало недоверие общин.　

Герцог срочно вернулся в Пруссию и собрал войска. 9 октября в Пройсиш-Холланде перед ним предстали делегаты муниципалитетов, судебные заседатели, представители общин всех трёх городов с намерением очистить себя от подозрения в том, что Кёнигсберг является источником всех волнений. Рихау от их имени просил назначить расследование. 28 октября Альбрехт прибыл с войсками в Кёнигсберг. 30-го числа он, 1000 всадников и 1000 пеших солдат стояли на поле возле села Лаут, куда вызвали и крестьян. Последние сдались без сопротивления. Герцог обошёлся с ними мягко, по крайней мере в сравнении с тем, как в то же самое время был подавлен крестьянский бунт в Германии^>{39}. Лишь немногих крестьян казнили. Ещё легче отделались руководители общин, так как нельзя было доказать их причастность к покровительству крестьянам.　

21 марта 1526 года Генрих фон Милтитц сообщил приглашённым в замок Советам трёх городов, что герцог прощает всем, кто перед ним виноват, но с одним условием, что отныне будет господствовать мир между общинами и муниципалитетами и что первые будут послушны вторым. Старая власть патрициев была восстановлена и более не оспаривалась. О соединении трёх городов так же не было больше речи.　

Для Пруссии было большим счастьем, что последний гохмейстер стал первым герцогом. Поэтому в 1525 году не произошло переоценки ценностей, не везде на место старых пришли новые люди. Не состоялось и «взятия власти» угнетённой до этого оппозицией. В кёнигсбергской администрации вообще не произошло смены руководства, а в земельном управлении, которое сконцентрировалось в Кёнигсберге, в большей степени изменились названия ведомств, чем их служащие. Правление осуществлялось четырьмя верховными советниками, впоследствии называемыми статскими министрами (государственными министрами). Ими стали обермаршал, обербургграф, ландхофмейстер и канцлер. Их ведомство, именуемое Верховным советом, или Государственным министерством, находилось в северном крыле замка. В 1542 году Альбрехт вынужден был признать основополагающий принцип индигената^>{40} для верховных советников. Они должны были быть прусского дворянского происхождения, их родным языком должен был быть немецкий.　

После советника вторым высшим должностным лицом в администрации был секретарь. После уже упомянутого Кристофа Гаттенхофена этот пост 40 лет занимал Бальтазар Ганс. К придворным чиновникам относились и казначеи, сменившие орденских сборщиков податей. Самым известным среди них был силезец Каспар фон Ностиц, много лет бывший, так сказать, негласным министром финансов и экономики герцогства. Написанная им в 1587 году «Книга приходов и расходов» является важным источником по истории экономики и культуры Пруссии.