Став приверженцем учения Лютера, епископ Самландский Поленц отказался от светской власти в епископстве. Все епископские земли перешли в ведение герцогской администрации. Вместо соборного капитула появилась консистория в качестве государственного ведомства. Кафедральный собор более не являлся епископской церковью, но оставался местом захоронения герцогов, а позднее стал университетской церковью и самым именитым храмом города. Первым евангелическим соборным пастором стал Брисманн; в 1546 году ему также поручили управление бывшим епископством, присвоив ему чин «президента консистории». Сам Собор вместе со всем районом, в котором жило духовенство, включили в состав города Кнайпхофа. Покровительство над Альтштадтской церковью после ликвидации соборного капитула снова перешло в руки правителя страны. Однако Альтштадту передали госпиталь «К Святому Духу». Городской госпиталь св. Георга утратил свой церковный характер и стал приютом для вышедших в отставку государственных чиновников. На территории крепости осталась только Замковая церковь, другие духовные учреждения секуляризировали. Орденские фирмарии закрыли, церковь Кройцкирхе преобразовали в герцогскую литейную, госпиталь св. Елизаветы в Закхайме закрыли. Само собой разумеется, что и монастыри прекратили своё существование, то же относится и к домам бегинок.　

Потеря множества мест церковного благочестия и благотворительности компенсировалась щедрыми пожертвованиями герцога. В благодарность за то, что он и его супруга оправились от «аглицкого пота» — эпидемии, свирепствовавшей в 1529 году в Пруссии, Альбрехт 15 октября того же года основал в бывшем женском монастыре «Большой госпиталь», который щедро обставили конфискованным в церквах имуществом.　

Созданием Большого госпиталя была завершена церковная реформа. Отныне в Кёнигсберге существовало только семь церквей: три старые городские — для жителей трёх городов, Замковая — для жителей Замковой слободы, госпитальная — для больных в госпитале, и две небольшие церкви — св. Николая в Штайндамме и св. Елизаветы в Закхайме. Последние две не являлись, однако, приходскими, поскольку жители слобод состояли в общинах городских церквей. Они должны были проводить богослужения для не немцев. Характерным для Реформации было то, что каждый человек имел право слушать Евангелие на родном языке.　

Проживавшие в Кёнигсберге пруссы, должно быть, все понимали по- немецки. У нас нет сведений о том, чтобы в городе когда-либо велись проповеди на прусском языке или чтобы немецкую проповедь толмач переводил бы на их родной язык. Прусский катехизис, напечатанный в 1545 году издателем Вайнрайхом в Кёнигсберге, предназначался для проповедников сельских общин. Людей же, говоривших на литовском и польском языках, в Кёнигсберге было много. Меньшинство из них проживало там постоянно. Основная же часть прибывала в город в качестве торговцев и сплавщиков леса на ярмарки и праздники, останавливаясь здесь лишь на некоторое время. Большинство этих не немцев приезжало сюда не из Польши и Литвы, а из районов Пруссии, населённых мазурами и литовцами. Для евангелической церкви естественным принципом заботы о спасении души было чтение проповедей на родном языке прихожан. Поэтому Штайндаммскую церковь в то время перестроили или построили заново и назначили сюда так называемого польского проповедника. Церковь была бедной, так как не имела своей епархии и, соответственно, доходов. Читали здесь проповеди и по-литовски. Литовским проповедником в конце столетия был Иоганн Бретке (по-литовски Янас Бреткунас), известный своими литовскими сочинениями. Использование одной церкви двумя общинами, да к тому же с сильно колебавшимся числом прихожан, приводило к неблагоприятным ситуациям. Иногда сутолока была здесь настолько большой, что священник не мог понять собственных слов. Поляки хотели эту церковь иметь только для себя и добились этого после смерти Бретке. Литовцы получили в 1603 году бывшую церковь св. Елизаветы в Закхайме. Первым «литовским» священником стал Лацарус Зенгшток, родившийся в Любеке и выучивший литовский язык в Мемеле, будучи там капелланом. Для проживавшей во всех трёх городах и говорившей на польском и литовском языках челяди каждые две недели проводилась обедня в соборе и в Альтштадтской церкви. В ⅩⅧ веке её перестали проводить, так как нужда в ней отпала. Иноязычные богослужения всегда являлись инициативой церковной власти. Польского или литовского братства или другой корпорации, которая бы выступала в качестве носителя их общественного сознания, в Кёнигсберге никогда не существовало.