Амандус несёт ответственность за единственный акт насилия, происшедший за эти годы в Кёнигсберге. В понедельник после Светлого Воскресения 1524 года он, вопреки традиции, читал свою проповедь не в Альтштадтской, а в Лёбенихтской церкви, и призвал народ на штурм близлежащего францисканского монастыря: «Монахи достаточно долго ели и пили с вами; идите к ним и поешьте и попейте теперь с ними». После этого толпа захватила монастырь и разорила его. Была сожжена деревянная скульптура св. Франциска. Монахам удалось спастись благодаря комтуру, который, узнав о беспорядках, добился того, чтобы они смогли свободно покинуть свою обитель. Позднее монастырь снесли; женский же остался нетронутым.
За исключением этого случая, декатолизация церквей проходила спокойно. Картинные украшения и одежда духовенства изымались, отдавались на хранение или продавались. Большинство серебряных предметов из церковной утвари было переплавлено ещё во время крестовых походов.
Воинственный Амандус не удовлетворился своим успехом. Он обрушился на альтштадтский муниципалитет и обвинил Сператуса, только что приехавшего в Кёнигсберг, в недостаточном реформатском усердии, упрекая его в том, что тот добивается благосклонности князей и влартей, чем и заслуживает ненависть благочестивых. Эта демагогия переполнила чашу терпения муниципалитета. В октябре 1524 года Амандус вынужден был покинуть город; он умер в 1530 году в Госларе.
Человеком совершенно иного склада был его преемник в Альтштадтской церкви Иоганнес Полиандер (Грауманн) из Нойштадта во Франконии, близкий друг и соратник Лютера и Меланхтона. Будучи учёным-гуманистом, он окружил себя единомышленниками, вёл широкую переписку со многими учёными, в том числе и католическими, как например с Дантискусом. Полиандер был сочинителем светских и духовных песен на немецком и латинском языках, страстным собирателем книг и отличным педагогом. Свои книги, рукописи и карты он завещал альтштадтскому муниципалитету; они послужили основой позднее созданной городской библиотеки.
Ведущим лютеранским теологом Пруссии стал Пауль Сператус — настоящая фамилия его была Шпрет — из Рётлена под Эльвангеном в Швабии. По просьбе Альбрехта он в 1524 году отправился в Кёнигсберг, чтобы стать там придворным проповедником. Из-за своей веры Сператус ещё в Вене был отлучён от церкви и заключён в Брюннскую тюрьму, прежде чем он приехал в Виттенберг, где помогал Лютеру собирать евангелические церковные песни. Он, как и Полиандер, был учёным и верующим человеком, сочинителем песен, книголюбом и владельцем солидной библиотеки. В его заслугу входит составление первого прусского евангелического песенника, напечатанного в 1527 году у Ханса Вайнрайха в Кёнигсберге. В 1530 году Альбрехт возвёл своего придворного проповедника в сан епископа Помесанского. Умер Сператус в 1531 году.
Благодаря деятельности этих людей Кёнигсберг стал евангелическим городом ещё до того, как гохмейстер снял своё орденское платье. Выступлений против Реформации со стороны старой церкви в Кёнигсберге не было, если не считать отклонённой комтуром жалобы монахов по поводу народного представления на масленницу 1524 года, в котором Лютер выступал против папы Римского. О судьбе распущенного в это время капитула Кафедрального собора мало что известно. Так, один из настоятелей принял лютеранство, другой, сложив с себя духовный сан, занялся торговлей. Соборный декан Адальберт Дойчманн подался к епископу Эрмландскому. Оставшиеся в Кёнигсберге каноники обеспечивались ведомством в Заалау, принадлежавшем капитулу. На подворье старшего священника в Нойхаузене разместилось герцогское казначейское ведомство, а сам замок стал летним и охотничьим замком герцога.