Альбрехт, как и его предшественник, хотел уклониться от присяги на верность польскому королю, бывшему к тому же его дядей. Он даже решился на войну с Польшей, хотя не имел на это ни войск, ни денег. В этой войне принимали участие 200 добровольцев из Кёнигсберга. После первоначального успеха под Браунсбергом военная фортуна вскоре от него отвернулась. На Троицу 1520 года польские войска подошли к Кёнигсбергу, захватили возвышенность Хаберберг, угнав скот и лошадей. Жители Кнайпхофа спешно укрепили Ближний Пригород вдоль рва Цугграбена и сожгли все постройки напротив. Ежедневно в течение недели поляки появлялись на Хаберберге, но на штурм города не решились и в конце концов отступили.　

Сословия потребовали, чтобы гохмейстер приступил к мирным переговорам. Их представитель, кнайпхофский бургомистр Мартин Розелер, отважился даже на угрозы, сказав, что подданные скорее найдут себе нового правителя, чем Альбрехт найдёт себе новую страну для правления. Сословная депутация, куда входили Розелер и альтштадтский бургомистр Эрасмус Беккер, отправилась в Торн. Альбрехт тоже поехал туда. Но узнав, что 2500 наёмников, привезённых из Дании на голландских кораблях в Пруссию, прибыли в Кенигсберг, он прекратил переговоры. Война продолжалась. Поляки к Кёнигсбергу больше не подходили. Участие горожан в войне ограничилось лишь помощью в создании небольшого прусского военного флота, которую они оказывали против воли и с промедлением. Корабль под названием «Кнайпхоф», при попытке прорвать польскую блокаду, был захвачен данцигцами и в качестве трофея доставлен в Данциг.　

Поскольку в военном отношении ни одна из сторон не могла выиграть эту войну, то по предложению герцогов Георга Егерндорфского и Фридриха фон Лигнитца — первый являлся братом Альбрехта, а второй приходился ему свояком, — в Торне возобновились переговоры, на которых 7 апреля 1521 года было заключено перемирие на четыре года. Год спустя Альбрехт оставил Кёнигсберг и отправился в Германию, чтобы заполучить помощь в войне с Польшей. Поддержки он не добился и через три года вернулся, уже герцогом, обратно.

Подъём, явившийся началом новой эпохи, был массовым движением. Это движение складывалось из множества компонентов, в нём взаимодействовали многочисленные силы. Сильнее, чем в других немецких городах, в столичном Кёнигсберге отчётливо проявилось три мощных течения, определивших дальнейшее развитие эпохи: церковное, политическое и социальное.　

И в Кёнигсберге старые порядки утратили свою цементирующую роль, а вместе с ними пришли в упадок и дисциплина и религиозность людей, которые должны были представлять этот строй. Одни отвергали и высмеивали старые порядки, другие тем крепче цеплялись за привычные формы, чем сильнее опасались их отмены. В результате скептицизм соседствовал с усердным благочестием: высмеивались Орден и церковь, покупались индульгенции, строились монастыри и капеллы. Нельзя забывать, что капелла св. Христофора и оба мужских монастыря были основаны в Кёнигсберге лишь незадолго до Реформации. Обоснованные или преувеличенные жалобы на безнравственность членов Ордена, каноников и монахинь также относятся к картине эпохи, в которой старые устои утрачивали свою силу.