Война между тем продолжалась. Кнайпхофцы оставались с Данцигом в тайном сговоре против Ордена и должны были поэтому примириться с тем, что Плауэн изгнал из города весь состав муниципалитета и вдобавок ещё одиннадцать граждан. Лангербайн уехал в свой родной город Штральзунд и умер там ещё до 1459 года. Позже многим членам муниципалитета позволено было вернуться в город, остальные были заменены сторонниками Ордена. Конституцию Кнайпхофа не отменили, оставили также и привилегии. Война тянулась ещё более десятка лет, до истощения сил обеих сторон. Решение, вынесенное в 1455 году, оставалось в силе.　

Тем временем Кёнигсберг стал резиденцией. В мае 1457 года несчастный гохмейстер Людвиг фон Эрлихсхаузен вынужден был оставить Мариенбург, и 8 июня при позорных обстоятельствах тайными тропами прибыл в Кёнигсберг. С тех пор и до конца правления Ордена Кёнигсберг являлся резиденцией и столицей страны. Такое развитие в долгосрочном плане принесло городу преимущества, однако на первом этапе оно затормозило развитие самоуправления в Кёнигсберге. То, что Данциг, Торн и Эльбинг сделали сразу же после падения власти Ордена, — каждый из них объединил свои различные города в один единый, — в Кёнигсберге сделано не было. Соседство крепостного района и трёх городов с их слободами продолжалось до 1724 года.　

И в финансовом отношении положение города не улучшилось, хотя гохмейстер и сдержал своё слово не отдавать его под залог, и монетный двор впервые после 1309 года опять стал чеканить шиллинги. Но это были плохие деньги, а налоги резко поднялись. К тому же граждане несли разные повинности, диктовавшиеся войной. Свободно они вздохнули только тогда, когда в 1464 году наконец-то начались мирные переговоры. Среди представителей сторонников Ордена, которые в июне 1464 года прибыли в Торн, были и бургомистры всех трёх городов Кёнигсберга. Переговоры окончились безрезультатно. В конце апреля следующего года состоялась новая встреча в Коббельгрубе на Фришской косе. Здесь бургомистр Альтштадта Штайнхаупт произнёс свои знаменитые слова: «Ввиду того, что там, где правят иностранцы, дело обстоит плохо, мы опять встали под начало Немецкого ордена, так как он честно нами правил и мы жили с ним в достатке». Он призвал Союзных делегатов не наделять короля Польши слишком большой властью. Они сами и их дети будут сожалеть об этом, хотя они сейчас и заверяют, что всё предусмотрели. Кто может гарантировать, что король сдержит свои обещания? И действительно, 100 лет спустя на заседании сейма в Люблине^>{31} в 1569 году эти обещания были нарушены. Переговоры, да и последующие встречи на Фришской косе не привели к каким-либо результатам. В последней встрече Штайнхаупт не участвовал — он умер от чумы.　

Благодаря посредничеству папского легата 19 октября 1466 года в Торне был заключён долгожданный мир. В качестве представителя оставшейся части орденского государства, гохмейстер обязан был присягнуть на верность польскому королю. Пруссия вышла из состава Священной Римской Империи германской нации.