Кнайпхофцы продолжали обороняться. Они располагали значительными силами, были защищены водой и каменными стенами и могли держаться до тех пор, пока водный путь к городам Союза оставался свободным. Этим путём Данциг, столица «Прусского союза^>», отправил 400 человек в Кнайпхоф, так что Лангербайн имел в своём распоряжении уже около 1000 человек. На стороне осаждающих воевали граждане Альтштадта и Лёбенихта, самландские свободные граждане и войска Ордена из числа наёмников под началом силезских и саксонских дворян. Самыми знатными из них были герцог Бальтазар Саганский, высокопочтенные господа Ханс и Адольф фон Гляйхен, Иоганн фон Вартенберг и Бото фон Ойленбург. Из Ливонии в июне прибыло 500 орденских наёмников, в то время как у кнайпхофцев подкрепления уже не было.　

Войска Плауэна несколько раз предпринимали штурм Кнайпхофа, пытаясь с кораблей высадиться на разводные мосты и оттуда взобраться на каменные стены, однако эти атаки терпели поражение благодаря решительному отпору осаждённых. Затем осаждающие перегородили Прегель ниже Кнайпхофа с помощью мостов, как это сделали почти 200 лет назад восставшие самландцы. Когда данцигцы в мае хотели подойти на 15 кораблях к Кнайпхофу, то увидели, что река перекрыта. Первый мост им удалось захватить, попытка овладеть вторым потерпела, однако, неудачу. Потеряв несколько кораблей, им пришлось повернуть вспять. Тем самым судьба Кнайпхофа была решена. Когда у горожан кончились съестные припасы, город после 14 недель храброго противодействия капитулировал 14 июля.　

Плауэн был достаточно разумен, чтобы пойти кнайпхофцам далеко навстречу. Город со всеми правами и привилегиями снова был взят под власть Ордена. Старый муниципалитет остался у руководства, не нужно было выплачивать репараций. Кнайпхофцам было дано право ремонта своих пострадавших от войны городских стен, однако им не нужно было отстраивать разрушенные объекты Ордена и ими же сожженный госпиталь св. Георга. Кто не хотел оставаться под началом Ордена, мог взять с собой всё имущество и эмигрировать. Альтштадтцам, бежавшим в Кнайпхоф, было позволено вернуться домой и получить назад свою собственность. Торговля между тремя городами вновь оживилась. Кнайпхофцы и теперь не симпатизировали Ордену, но более всего их задело за живое то, что из Польши не поступило никакой помощи. Данцигскому муниципалитету они писали: «Мы не могли подумать, что господин король мог нас так бесславно оставить».　

Воюющие на стороне Ордена командиры наёмников были уже не просто нанятыми для ведения войны людьми. Они выступали в качестве своеобразной третьей силы со своими политическими требованиями. Это в особенности относится к герцогу Саганскому. В акте о капитуляции от 14 июля его имя стоит перед именем Плауэна, а это значит, что кнайпхофцы сдали свой город скорее ему, чем Ордену, и 29 июля они добились того, чтобы ещё и герцог подтвердил то, что было обещано Плауэном. Очевидно, они не доверяли Плауэну, хотя тот и заверял, что он действует по поручению гохмейстера и является его доверенным лицом. После войны герцог, которому Орден глубоко задолжал, попытался заполучить земли вокруг Кёнигсберга в качестве своего рода ленного герцогства. Лишь настоятельные заверения Плауэна, что он от имени гохмейстера объявил Альтштадту и Кнайпхофу о том, что эти земли он никогда не заложит и не продаст, помешали созданию Кёнигсбергского герцогства под формальным началом Ордена.