С мая 2001 года на тайных базах в Панкинсском и Ахметском ущельях в обстановке строжайшей секретности с участием сотрудников спецслужб Грузии, США, Турции, а также военных инструкторов из стран НАТО началась подготовка групп боевиков к операции. В их состав входили примерно 100–120 чеченцев, значительное количество местных жителей — грузин и сванов, у которых с абхазами были давние счеты еще со времен войны 1992-93 годов, и прочий террористический интернационал, включавший в себя выходцев с Северного Кавказа и Средней Азии.
Подготовка продолжалась несколько месяцев. В ходе нее был сформирован ударный отряд численностью свыше 400 человек. Он делился на два подразделения. Костяк первого составляли чеченцы и отборные головорезы, зарекомендовавшие себя в боевых акциях в Чечне и Дагестане. Во второе подразделение входила так называемая солянка.
Перед отрядом стояла задача — пройтись огнем и мечом по Абхазии, а затем по двум направлениям выйти к границе с Россией. На первом направлении планировался прорыв в Сочи и проведение крупных терактов на транспортных узлах и в общественных местах. На втором — выход в горные районы Кабардино-Балкарии и там, в опоре на местное бандподполье, организовать восстание. В результате этих действий, по замыслу разработчиков операции, Северный Кавказ заполыхал бы в огне войны с востока — в Чечне и Дагестане, а с запада — в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии.
Перед нападением на Абхазию нынешние вожди Грузии, как это уже не раз случалось в прошлом, прибегли к испытанному приему. Чтобы усыпить бдительность противника, они сделали абхазской стороне предложение, от которого трудно отказаться. Президенту В. Ардзинбе предложили посетить Тбилиси, чтобы урегулировать взрывоопасную ситуацию в верхней части Кодорского ущелья и заняться поиском путей мирного решения застарелого конфликта. Владислав Григорьевич по состоянию здоровья не мог совершить поездку и направил на переговоры премьер-министра А. Джергения. После встреч с Шеварднадзе он возвратился в Сухум окрыленным. 27 августа на пресс-конференции в Сухуме он излучал уверенность в мирном будущем. Его настроение нашло отражение на страницах местной прессы. «Я привез вам мир», — писали в газете «Республика Абхазия».
В то время как в руководстве Абхазии многие пребывали в эйфории от успеха переговоров Джергения с Шеварднадзе, последний действовал. В августе 2001 года подчиненные министра госбезопасности Грузии В. Кутателадзе, переодетые в штатское, начали поэтапно, скрытно перебрасывать основные силы боевиков в верхнюю часть Кодорского ущелья (использовались крытые тентами КамАЗы с гражданскими номерами). Оттуда небольшими группами они просачивались вглубь Абхазии и кинжальными выпадами прощупывали ее оборону.
Позже, после захвата пленных и их допросов, начальник Генштаба абхазской армии генерал-лейтенант В. Аршба 24 октября 2001 года в интервью газете «Эхо Абхазии» подтвердил факт участия спецслужб Грузии в подготовке рейда боевиков Гелаева: «У военного руководства имеются конкретные доказательства участия и организации операции (в Кодорском ущелье. —