В 1896–1899 гг. в Петропавловской крепости содержались члены петербургского «Союза за освобождение рабочего класса» А. С. Шаповалов, М. А. Сильвин, Н. Э. Бауман и др.
Следует отметить, что в 1905 г. в Петропавловскую крепость был заключен известный русский писатель А. М. Горький.
В Петропавловской крепости в 1906–1908 гг. заседали петербургский военно-полевой и военно-окружной суды, вынесшие не один суровый приговор участникам первой русской революции 1905–1907 гг.
В феврале 1917 г. в Петропавловскую крепость были заключены солдаты Павловского полка, перешедшие в дни свержения царизма на сторону народа. 28 февраля 1917 г. их освободил восставший гарнизон крепости.
В ночь на 26 октября 1917 г. в Петропавловскую крепость были доставлены арестованные министры Временного правительства[105].
Необходимо отметить, что во второй половине XVIII в. на территории Алексеевского равелина было выстроено деревянное тюремное здание. В 1796–1797 гг. на его территории появилось новое здание — каменное.
Император Павел I повелел: «Для содержания под стражею до тайной экспедиции относящимся, изготовить дом с удобностью для содержания в крепости». Это новое здание и стало известно как Секретный дом Алексеевского равелина.
О заключении в эту тюрьму оповещался ограниченный круг людей. Арестант секретного дома значился по номеру камеры, в которой он содержался.
Секретный дом представлял собой каменное одноэтажное треугольной формы здание. В нем насчитывалось 26 камер, из них 20 — для одиночного заключения.
Стены камер были выбелены известью. В камере стояла кровать с тюфяком и «госпитальным одеялом». Возле кровати столик с кружкой воды. На кружке были вырезаны буквы АР (начальные буквы названия равелина). Освещал комнату ночник, сильно коптивший. В одном из углов камеры помещалась параша. Камеры отапливались печами с топкой из коридора.
Так же, как в казематах, в Секретном доме господствовали молчание и тишина. Стража ходила по коридору в мягких туфлях. Заключенным запрещалось перестукиваться, переговариваться между собой и разговаривать со стражей.
Переписка с родными по сути дела была запрещена. Разрешение на нее давалось только в редких случаях и исключительно царем.
Секретный дом Алексеевского равелина существовал до 1884 г.
В 60 —70-е гг. XIX в. в Петропавловской крепости содержалось много узников и камер на всех узников не хватало.
Комендант Петропавловской крепости генерал Корсаков обратился в Главное инженерное управление с просьбой приспособить для мест заключения пустующие казематы Трубецкого бастиона.
Летом 1870 г. в присутствии генералитета и высшего духовенства состоялось открытие тюрьмы Трубецкого бастиона.
В 1872 г. тюрьма Трубецкого бастиона стала действующей политической тюрьмой России. За период ее существования (1872–1917) через нее прошло около 1,5 тысячи заключенных. Это были революционеры, находившиеся под следствием. В некоторых случаях здесь отбывали сроки политические заключенные, осужденные на каторгу. Приговоренные к смертной казни оставались в тюрьме до отправления на казнь. По свидетельствам очевидцев, арестанта везли в тюрьму в специальной закрытой камере. Карета останавливалась у подъезда Комендантского дома, где жандармский офицер (начальник конвоя) получал пропуск, после чего карета следовала к тюрьме Трубецкого бастиона.