Основной функцией Благовещенского собора было служить домовой церковью московским государям. Храм, не вмещавший большого количества посетителей, предназначался для церковных служб в узком кругу наиболее близких к царю людей. Собор являлся частью обширного дворцового хозяйства, вход посторонним сюда был закрыт. Здесь проходили церемонии интимного характера, например празднования именин цариц и царевен. Настоятелем храма назначался близкий к государю человек — его духовник.
Вместе с тем храм обладал несомненным общественным значением. В его подклете и рядом, на Казенном дворе, хранились наиболее ценные предметы из царской сокровищницы. Отсюда через крыльцо Благовещенского собора во время церемонии венчания на царство выносились регалии. Здесь начинались шествия на Соборную площадь во время главных церковных праздников. По ступеням этого же крыльца через галерею собора следовали во дворец послы, прибывшие из христианских государств. В XX веке добавилась еще одна функция — собор стал музеем (с 1917), а церковные службы, напротив, прекратились. Но с 1993 здесь на престольный праздник Благовещения Пресвятой Богородицы вновь совершается богослужение.
Подклет является древнейшей частью Благовещенского собора. Слагающие его белокаменные плиты относятся к концу XIV — началу XV века и принадлежат двум первым храмам, стоявшим на месте существующего. В центре небольшого квадратного в плане помещения находится массивный четырехгранный столп, от которого на стены перекинуты мощные низкие арки. С востока к основному объему примыкает полукруглая абсида. В древности подклет использовался для хранения великокняжеской казны.
Небольшая выставка, посвященная археологии Боровицкого холма, открылась в нем в 1989. Вместо нее в 2012 была развернута новая постоянная экспозиция «Клады и древности Московского Кремля». Более 1500 экспонатов дают достаточно полное представление о разнообразной жизни его обитателей. Они распределены по нескольким разделам. Один из самых интересных представляет памятники ювелирного искусства XII–XIII веков. Здесь можно видеть относящиеся к домонгольскому времени украшения древнерусских красавиц, выполненные византийскими, скандинавскими и русскими мастерами: колты, рясны, аграфы, предназначенные для декорирования головного убора, шейные гривны, бусы, подвески, медальоны, браслеты, перстни и пуговицы. Большинство этих предметов было спрятано в земле в виде кладов и найдено по воле случая при земляных работах или археологических раскопках.
Значительный раздел посвящен оружию и воинскому снаряжению XII–XVI веков. В нем представлены разнообразной формы шлемы, кольчуга и редкий кольчато-пластинчатый доспех — бахтерец, секира и боевой топор, крупный обломок меча с надписью «Цицелин меня сделал», наконечники копий и боевых стрел, специальное кольцо для стрельбы из лука, «чесноки» (приспособления для поражения ног воинов и коней) и многое другое.
В двух последних разделах размещены памятники нумизматики. Здесь показаны редкие иностранные монеты, представляющие почти все государства Европы. Рассматривая размещенные в витрине экспонаты, можно составить представление о развитии отечественной денежной системы начиная от великого князя Василия Дмитриевича до царя Петра I включительно. Раздел «Клады монет XIV–XVII веков» завершает экспозицию. В нем целиком экспонируются многие клады старинных монет и слитков, найденные на территории Московского Кремля. Интерес также представляют некоторые сосуды, в которых они были найдены.