Первоначальный иконостас церкви Ризположения не сохранился. Большинство икон для существующего пятиярусного иконостаса написано по заказу патриарха Филарета (в миру боярин Федор Никитич — отец царя Михаила Федоровича Романова). Работы выполнены в 1627 артелью иконописцев под руководством одного из лучших царских изографов — Назария Истомина Савина. Ему принадлежит общий замысел и иконы главного деисусного чина, а также некоторые из пророческого, праздничного и местного чинов. Тогда же все образы были украшены покрытым позолотой окладом из серебряной басмы (пластинками с тисненым рельефным узором).

Среди тех икон, что расположены в местном ряду, выделяются храмовый образ «Положение ризы Пресвятой Богородицы во Влахернах», написанные Назарием Истоминым «Богоматерь с Младенцем» и «Троица», а также украшающие двери жертвенника («Благоразумный разбойник Рах») и дьяконника («Голгофский крест»). В XIX веке при реконструкции иконостаса его подлинные царские врата заменили на новые, выполненные в стиле классицизма. В 1950-е восстановили раму, близкую по форме к первоначальному тябловому (состоящему из горизонтальных балок — табл, на которых стоят иконы) иконостасу. А царские врата, относящиеся к XVI веку, и некоторые иконы, помещенные в местный ряд, были взяты из кремлевского собрания. В то же время был добавлен не существовавший здесь ранее пядничный ряд, состоящий из небольших (размером «в пядь») икон XVII — начала XVIII века.

Главная храмовая икона церкви Ризположения располагается согласно старинной традиции справа от царских врат. После реформы патриарха Никона на этом месте обычно ставилась икона Спасителя, а за ней соответствующая посвящению храма. По-видимому, для патриаршей домовой церкви, которая вскоре вошла в состав царских дворцовых церквей, было сделано исключение.

На иконе изображено торжественное возложение на престол посвященной Богородице церкви во Влахернах (предместье Константинополя) драгоценной Ризы (одежды, точнее, длинного куска материи, которым женщины Палестины покрывали себя с головы до пят). По преданию, этот мафорий (так греки называли одеяние Богоматери) был увезен совершавшими паломничество к Святым местам двумя знатными константинопольскими сановниками из Иерусалима, где хранился у одной благочестивой девицы. К ней реликвия попала по прошествии многих лет, через посредство таких же, как она, девственниц. Первой им владела некая вдова, прислуживавшая самой Деве Марии и получившая мафорий от нее в подарок. После его перенесения в Константинополь там был установлен праздник Положения Ризы Пресвятой Богородицы, который отмечается церковью 2 июля (15 июля по новому стилю). Не раз эта священная реликвия, как свидетельствуют византийские хроники, спасала город во время его осады неприятелем, что нашло отражение и в росписи кремлевской церкви.