Продолжает линию вереница «воображаемых» портретов представителей московского княжеского дома, помещенных в нижнем ярусе росписи стен непосредственно над их захоронениями. Рядом с каждой фигурой, показанной в молитвенной позе фронтально или в трехчетвертном развороте, нанесены надписи, раскрывающие имена князей и их святых покровителей, изображения которых в круглых медальонах располагаются ярусом выше. Подобно святым, все князья с нимбами обращены в большинстве своем к востоку, в сторону алтаря. Такая постановка фигур и их атрибуты должны были, по мнению авторов программы росписи, обосновывать «богоизбранность» рода Ивана Калиты, фигурой которого открывается шествие.

О первоначальном иконостасе Архангельского собора сохранились лишь скудные сведения. Известно, что он поновлялся при царе Иване Грозном. Из него, по-видимому, происходят иконы «Благовещение Устюжское», «Никола Можайский» и «Иоанн Предтеча — Ангел пустыни» (две последние под записью XVII века). Самой древней иконой собора является главный храмовый образ — «Архангел Михаил, с деяниями ангелов», расположенный на втором месте справа от царских врат. Он, скорее всего, был написан в конце XIV века, находился в первоначальном белокаменном соборе (1333) и мог быть связан с мастерами круга знаменитого иконописца Феофана Грека.

Ныне существующий иконостас и большинство его икон созданы в 1679–1681 по заказу царя Федора Алексеевича, старшего брата Петра I. Над его резной рамой работало более семидесяти мастеров, среди которых Мокей Ильин, Герасим Окулов и другие. Среди авторов икон — известные изографы Федор Зубов и Михаил Милютин. Иконостас имеет только четыре яруса: пророческий, деисусный, праздничный и местный и завершается резным Распятием. Царские врата, заменившие первоначальные, были выполнены в 1770-е. По обе стороны от них расположены иконы «Спас Великий Архиерей» и «Богоматерь Благодатное Небо», написанные в годы создания иконостаса. К этому же времени относится патрональная царская икона «Федор Стратилат».

Первые документальные свидетельства о наличии у московских князей каменного домового храма относятся к концу XIV века. Это была небольшая одноглавая бесстолпная церковь на высоком подклете, нижняя часть которого сохранилась в структуре ныне существующего собора. Новую постройку на старом основании возвели в 1416. А к 1485–1489 относится строительство современного здания. Его осуществляла приглашенная в Москву артель псковских мастеров, имена которых неизвестны. Храм уже тогда имел три главы (большую центральную и две малые восточные) и был окружен с трех сторон крытыми галереями. С четвертой к нему примыкала Казенная палата. С ней, как и с дворцом великого князя, Благовещенский собор был соединен каменными переходами. Последний раз его существенно перестроили в 1560-е в период правления Ивана Грозного. На сводах галереи соорудили четыре придельные бесстолпные церкви с небольшими главками, а количество глав над основным пространством собора увеличили до пяти. Внешнее декоративное убранство царского храма соединяет в себе черты раннемосковского зодчества и псковсконовгородской архитектуры.