Не только трасса, но и здания в возникавших вдоль нее городах строились без учета последствий таяния вечной мерзлоты. В результате в начале 1980-х годов на разных станциях БАМа более 70 зданий пострадали в результате проседания грунта, и многие из них пришлось снести. Больше всего досталось поселку Могот, расположенному на ответвлении от основной магистрали, где из-за ненадлежащей подготовки фундамента разрушились все постройки 1970-х годов. По всей протяженности трассы многие крупные сооружения, такие как больницы и административные здания, получили те или иные повреждения, и даже сегодня можно видеть заброшенные постройки, медленно погружающиеся в землю.

Если вечная мерзлота была серьезной бедой для БАМа, то туннели, если верить путеводителю, «были его главной проблемой»^>{213}. Трасса пересекала несколько горных хребтов, и в одном месте проходила на высоте 1200 метров над уровнем моря. В отличие от западных участков Транссиба, здесь для того, чтобы сократить количество медленных подъемов и спусков, нужно было прокладывать многочисленные туннели. Расходы на строительство полдюжины крупных туннелей общей протяженностью свыше 30 км составили одну треть от стоимости всей трассы; а их сооружение оказалось связано с невиданными трудностями, поскольку они проходили через линии геологического разлома и, что еще хуже, на уровне залегания подземных вод. В путеводителе по БАМу говорится: «Приходилось осваивать новые технологии проходки туннелей, что замедляло темпы строительства», а существующие рабочие кадры не обладали необходимыми знаниями и навыками. И добавляется: «Оглядываясь назад, становится ясно, что если бы на изыскательские работы было потрачено больше времени, то можно было бы найти более рентабельный маршрут, и необходимость в строительстве некоторых туннелей отпала бы сама собой»^>{214}.

Наибольшие сложности возникли при прокладке расположенного в 320 км к востоку от Северобайкальска Северомуйского туннеля протяженностью более 15 км, строительство которого началось в 1978 году и по предварительным расчетам должно было занять шесть лет. На деле оно растянулось на два с половиной десятилетия. Основных проблем было две: сейсмическая активность, которая в этом регионе составляла около 400 слабых толчков в год, и, что было даже более серьезно, наличие подземных протоков и озер. В результате из-за этих почти непреодолимых проблем возникла многолетняя задержка в строительстве.

Самая большая трагедия произошла в сентябре 1979 года, когда проходчики, преодолевая гранитный массив, случайно наткнулись на большое подземное озеро[178], и туннель затопило водой. Несчастье снова заставило вернуться к вопросу о недостаточности проведенных изысканий, что, впрочем, касалось всего проекта в целом. Из-за коммунистической цензуры об этом случае стало известно только четыре года спустя, и точное количество жертв неизвестно. Строители обратились за советом к западным специалистам по туннелестроению, но проблемы, с которыми пришлось столкнуться при прокладке Северомуйского туннеля, оказались настолько сложными и уникальными, что иностранцы не смогли помочь. Пытаясь остановить течь, строители придумали замечательную идею — закачать в гранитный плывун жидкий азот, чтобы заморозить воду и дать бетонному заполнению время застыть. В конце концов, в декабре 2003 года после того, как озеро было осушено с помощью подземных труб, создан безопасный проход на случай землетрясения или наводнения и во всех частях сооружения установлены сейсмодатчики, туннель был открыт для движения поездов.