Святогорские отцы приветствовали переселение метеорского братства на Афон, возлагая на него большие надежды: и в самом деле, этому примеру последовали и другие братства, так что число монахов на Святой горе впоследствии значительно возросло.

Досточтимый старец, не оставляя своего молитвенного бдения, служения Божественной литургии и исполнения прочих обязанностей, с ревностью приступил к реорганизации внутренней жизни нового братства. С мудростью и рассудительностью он принял святогорскую традицию с ее уставами, но приложил к ней и свою личную печать: основываясь на Божественных писаниях святых отцов, которые он усердно изучал, он создал устав монастыря. С любовью и уважением относясь к опыту старых насельников монастыря, отец Эмилиан, значительно пополнив братство, присоединил к этому опыту юношеский энтузиазм, целеустремленность и ревность молодых монахов. Своим добрым управлением и отеческим окормлением старец восстановил авторитет этого славного древнего монастыря, продолжив многовековое монашеское предание обители.

После обоснования братства на Святой горе старец по-отечески заботился о благоустройстве сестринства, переехавшего 5 июля 1974 года в Ормилию (Халкидики), на старое Благовещенское подворье обители Ватопед. Это подворье было куплено монастырем Симонопетра и, по соизволению местного епископа и при содействии Священного Кинота, стало с того времени подворьем обители Симонопетра. Старец подъял на себя огромные труды и перенес множество скорбей ради восстановления этого маленького разрушенного подворья, став для новосозданной обители мудрым и благородным ктитором. Все приходилось начинать с нуля. Для того чтобы сестры могли вести уединенную монашескую жизнь, отец Эмилиан

в 1980 году начал, содействием Божией благодати, с помощью верующих людей строительство монастырских зданий, так что примерно через пятнадцать лет на этом месте вырос большой общежительный монастырь. Неописуемы были радость и волнение старца 14 сентября 1980 года при закладке на подворье монастырского собора митрополитом Кассандры Синезием, в лице которого отец Эмилиан нашел рассудительного и благоразумного архипастыря.

25 октября 1991 года подворье приобрело статус Патриаршего ставропигиального монастыря, что подтверждается официальной грамотой блаженнейшего Вселенского патриарха Варфоломея.

Следуя примеру святых отцов, всегда приходивших на помощь своим ближним в их нуждах и немощах, старец в 1982 году вблизи подворья основал Центр духовной и социальной поддержки «Богородица Человеколюбивая» на средства, унаследованные от приснопамятного капитана Иоанна Хаджипатераса. Центр работает под наблюдением и при попечении сестринства как скромное и бескорыстное приношение сестер Ормилии населению округи.

Старец считал частью монастыря Симонопетра и все его подворья: Вознесения в Афинах, св. Харалампия в Салониках, прп. Никодима в Пендалофо (Гуменисская митрополия), а также св. Антония, Преображения Господня и Покрова Пресвятой Богородицы — во Франции. Ко всем этим подворьям он проявлял интерес, любовь и оказывал всемерную поддержку, потому что многие люди, приходя туда, обретали для себя Церковь.