В 1963 году в Великих Метеорах поселились два первых монаха. В 1965–1966 годах послушниками отца Эмилиана стали многие выпускники гимназии. 6 августа 1966 года митрополит Дионисий, старец отца Эмилиана, постриг его в великую схиму. Возрождение монашеской жизни в Метеорах и преуспеяние молодого, но уже духовно богатого чада весьма радовали преосвященного архипастыря и наполняли его сердце благими надеждами.

С самого начала своей жизни в Метеорах отец Эмилиан установил духовные связи с современными ему подвижниками: отцом Афанасием (Хамакиотисом), отцом Димитрием Гагастафисом, отцом Амфилохием Патмосским, отцом Филофеем (Зервакосом), отцом Симоном (Арванитисом), отцом Дамаскином (Катракулисом). В этот же период старец сблизился со знаменитыми ныне сербскими иерархами, высокопреосвященным Амфилохием (Радовичем) и преосвященным Афанасием (Евтичем) — тогда еще студентами Афинского университета, духовными чадами святого старца, прп. Иустина (Поповича), столпа Сербской церкви. (В 1976 году отец Эмилиан посетил прп. Иустина уже как игумен монастыря Симонопетра.)

В то же время отец Эмилиан начал совершать и паломнические поездки на Святую гору, желая обогатиться духовным опытом ее подвижников. Он познакомился с блаженной памяти старцем Паисием и, поднявшись почти до вершины Афона, встретился с великим делателем послушания отцом Ефремом Катунакским. С тех пор между ним и отцом Ефремом установилась особенная духовная связь, про которую последний часто говорил: «Я нашел своего старца, которого потерял, другого старца Иосифа, златоустого и досточтимого отца Эмилиана».

В 1968 году отец Эмилиан постриг молодых послушников и с глубокой предусмотрительностью, или, лучше сказать, прозорливостью, заложил основы общежительной жизни нового братства Метеор. Имея проницательный взор, он с самого начала избрал себе преемника, в то время ученика гимназии Эммануила Раптиса, а ныне игумена монастыря Симонопетра, архимандрита Елисея.

Одновременно старец заботился и об устроении женского монастыря. К 1972 году, после многолетних испытаний и трудностей, начало свою жизнь сестринство, которое, во главе с нынешней игуменией Никодимой, временно поселилось в монастыре Святых Феодоров вблизи Метеор. Хотя сестринство в то время делало лишь свои первые шаги, мудрый старец уже готовил для него устав — свое духовное завещание, единственный собственноручно им написанный текст, который он передал сестрам 5 мая 1975 года — тогда, когда они окончательно обосновались на территории современного монастыря Ормилия.

В январе 1970 года неожиданно отошел ко Господу митрополит Дионисий. Желая обрести более подходящее для монашеского жительства место, вдали от шума и наплыва туристов, братство Великих Метеор в конце 1973 года переселилось на Святоименную гору. Этому способствовали и настойчивые просьбы насельников монастыря Симонопетра, страдавшего от малочисленности братии. Так как место игумена по кончине архимандрита Харалампия пустовало, 25 ноября 1973 года прежняя братия обители Симонопетра, согласно святогорским правилам, провела выборы нового игумена. Им стал отец Эмилиан. 17 декабря последовала его интронизация Священным Кинотом.