В.Т.Сергиенко стал также заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР (до него начальником Следчасти НКВД СССР и заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР был Б.З.Кобулов.
19 сентября 1939 г. было образовано Управление НКВД СССР по военнопленным и интернированным (УПВИ НКВД СССР). Начальником этого управления был назначен майор П.К.Сопруненко.
На 1 января 1940 г. структура центрального аппарата НКВД СССР была следующей:
Руководство НКВД СССР (5 человек: Берия, Меркулов, Масленников, Чернышов, Круглов);
Секретариат НКВД СССР (200 человек, начальник С.С.Мамулов);
Секретариат ОСО при НКВД СССР (В.В.Иванов);
Особое техническое бюро (ОТБ) при НКВД СССР (72 человека, начальник — В.А.Кравченко);
Особое бюро при НКВД СССР (42 человека, — П.А.Шария);
Контрольно-инспекторская группа при НКВД СССР (10 человек, — Н.И.Павлов;
Особоуполномоченный НКВД СССР (70 человек, — А.Г.Стефанов);
Секретариат 1-го заместителя НКВД СССР по ГУГБ Меркулова;
Контрольно-инспекторская группа при заместителе НКВД СССР (М.Д.Балябин);
Секретариат заместителя НКВД СССР В.В.Чернышева;
Отделение по организованному набору рабочей силы при заместителе НКВД СССР (3 человека);
Инспекция по котлонадзору при НКВД СССР (10 человек, — Н.П.Стружков);
Постоянная техническая комиссия при НКВД СССР;
Сектор капитальных работ при НКВД СССР (10 человек, — Б.С.Вайнштейн);
Отдел ж.д. и водных перевозок НКВД СССР (15 человек, — С.И.Зикеев);
Сектор ширпотреба НКВД СССР (14 человек, — М.М.Митюшин);
ГУГБ НКВД СССР (1484 человека, — В.Н.Меркулов):
1 отдел (охрана правительства) — (Н.С.Власик);
2 отдел (СПО) (233 человека, — П.В.Федотов);
3 отдел (КРО) (247 человек, — Т.Н.Корниенко);
4 отдел (00) (394 человека, — В.М.Бочков);
5 отдел (ИНО) (225 человек, — П.М.Фитин);
7 отдел (шифровальный) (230 человек, — А.И.Копытцев);
Следчасть ГУГБ (155 человек, — В.Т.Сергиенко).
ГЭУ (629 человек — Б.З.Кобулов):
1 отдел (промышленность) — (Г.П.Андреев);
2 отдел (оборонная промышленность);
3 отдел (сельское хозяйство);
4 отдел (Гознак и аффинажные заводы) — (Г.ПАндреев по совместительству);
5 отдел (авиационная промышленность) — (А.В.Шахов);
6 отдел (топливная промышленность);
Следчасть ГЭУ — (П.Я.Мешик).
ГТУ (496 человек, — С.Р.Мильштейн):
1 отдел (ж.д. транспорт) — (Л.С.Буянов);
2 отдел (водный транспорт) — (Д.Г.Карягин);
3 отдел (связь, шосдорстрой, гражданский воздушный флот) — (И.С.Белов);
Следчасть ГТУ — (Н.И.Синегубов).
1 спецотдел (1 с/о (учетно-статистический) (358 человек, — Л.Ф.Баштаков);
2 с/о (опертехника) (621 человек, — Е.П.Лапшин);
3 с/о (обыски, аресты, наружное наблюдение) (147 человек, — Д.Н.Шадрин);
4 с/о (лаборатории) (61 человек, — М.П.Филимонов);
5 с/о (Гознак, Гохран) (18 человек, — В.Н.Владимиров);
Моботдел (31 человек, — И.С.Шередега);
Отдел кадров (362 человека, — С.Н.Круглов);
Главное тюремное управление (225 человек, — АТ.Галкин);
ЦФПО (165 человек, — Л.И.Берензон);
АХУ (4088 человек, — Ю.Д.Сумбатов-Топуридзе);
ГАУ (233 человека, — И.И.Никитинский);
ГУПО (250 человек, — Н.А.Истомин);
ГУРКМ (1043 человека, П.Н.Зуев);
ГУЛАГ (2040 человек, — В.В.Чернышев);