Окончательно ГЭУ сформировалось лишь 4 сентября 1939 г., когда начальником этого главка был назначен Б.З.Кобулов.

Организационный период для ГТУ продлился до 31 марта 1939 г., когда начальником главка был назначен С.Р.Мильштейн.

4 октября 1938 г. заместителем наркома ВД СССР по хозяйству был назначен бывший нарком местной промышленности РСФСР Г.В.Филаретов. 16 ноября 1938 г. он стал также (по совместительству) и начальником ГУЛАГа НКВД СССР, но проработал в этой должности недолго: 17 февраля 1939 г. Г.В.Филаретов был освобожден от всех должностей в НКВД СССР и откомандирован в распоряжение ЦК ВКП(Б), а начальником ГУЛАГа НКВД СССР был назначен бывший начальник ГУРКМ НКВД СССР и заместитель наркома ВД СССР комдив В.В.Чернышев.

17 ноября 1938 г. В.М.Молотов и И.В.Сталин подписали совместное постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) "Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия", в котором были отмечены крупные недостатки и извращения в работе органов НКВД.

23 ноября того же года Н.И.Ежов пишет письмо в Политбюро ЦК ВКП(б) на имя И.В.Сталина, в котором просит освободить его от работы наркомом внутренних дел СССР из-за целого ряда ошибок и промахов, допущенных им на этом посту.

24 ноября 1938 г. последовало решение Политбюро ЦК ВКП(б) об удовлетворении просьбы Ежова об освобождении его от обязанностей народного комиссара внутренних дел СССР ввиду изложенных в заявлении Ежова мотивов, и также принимая во внимание его болезненное состояние.

За Ежовым решено было оставить должности секретаря ЦК ВКП(б), председателя Комиссии партийного контроля и наркома водного транспорта СССР.

25 ноября 1938 г. Указом ПВС СССР Н.И.Ежов был освобожден от должности наркома внутренних дел СССР. Тогда же на эту должность был назначен Л.П.Берия. Однако в газетах опубликован этот Указ был лишь 8 декабря 1938 г.

Заместителей наркома ВД СССР постигла та же участь, что и самого "железного наркома". Агранов, Фриновский, Берман, Прокофьев, Бельский, Жуковский и Заковский были расстреляны, Курский застрелился сам, Рыжов умер в тюрьме, находясь под следствием. Только одному В.В.Чернышеву каким-то образом удалось избежать участи своих коллег-заместителей наркома ВД СССР: 18 февраля 1939 г. он был назначен начальником ГУЛАГа по совместительству с должностью заместителя наркома ВД СССР, а с 26 февраля 1941 г. и до своей смерти 12 сентября 1952 г. В.В.Чернышев работал заместителем наркома (министра) внутренних дел СССР и курировал в основном работу лагерных управлений НКВД (МВД) СССР, таких, как ГУЛАГ, Главгид-рострой, ГУЛЖДС, Главпромстрой и других.

Выступая перед слушателями Высшей школы НКВД СССР в 1939 г., научный сотрудник 1 спецотдела НКВД СССР, а со 2 августа 1939 г. — заместитель начальника Особого бюро при НКВД СССР, А.И.Коссой говорил, что с приходом в НКВД Л.П.Берия и под руководством партии советская разведка очистилась от банды предателей и шпионов, пролезших в ее ряды, и что ряды советской разведки обновились и пополнились новыми кадрами, посланными на этот решающий участок охраны государственной безопасности страны социализма, и что под руководством своего наркома товарища Берия, верного ученика и соратника товарища Сталина, советская разведка, очистившись от врагов народа, от шпионов иностранных разведок, стоит на страже нашей социалистической Родины.