Курфюрст назначил большую комиссию. В течение ноября она четырежды допросила Рота, признав его по некоторым пунктам виновным, однако приговор не вынесла, так как в её задачу входило расследование, а не суд. Процесс, который должен был за этим последовать, не состоялся. Курфюрст считал неуместным в связи со своим суверенным правом подвергать законность своей позиции и политики дополнительному судебному контролю. Он охотно выпустил бы Рота на свободу, если бы тот согласился признать свою вину и попросил бы о помиловании. Но Рот этого делать не хотел и не мог, так как был убеждён в своей правоте, а тому, кто прав, не пристало просить у того, кто не прав, о пощаде. 16 лет, до самой своей смерти, он находился в заключении под не очень строгим режимом. Его сын поступил на польскую службу и был секретарём воеводы Михаила Вишневецкого, ставшего впоследствии королём.

Иеронимус Рот принадлежит к наиболее известным, но не великим личностям в истории Кёнигсберга, потому что был не движущей силой, а её тормозом. Он не был изменником ни по отношению к лютеранству, ни по отношению к народу. Его связи с Польшей имели скорее всего политическую, чем национальную подоплёку. Он являлся честным человеком, и никто не откажет ему в уважении, которого заслужила его судьба.

С устранением Рота путь к переговорам стал свободен. Но понадобилось ещё десять месяцев, прежде чем решились все спорные вопросы. По многим позициям курфюрст уступил. Он закрепил за Кёнигсбергом его привилегии. В октябре 1663 года желанное соглашение было достигнуто. 17 числа присягнули советники и высшие чиновники, а днём позже в замке давали коллективную присягу горожане. После торжественного молебна курфюрст взошёл на подест, и на троне, оббитом красным бархатом, принял присягу. Вокруг него стояли земельный хофмейстер, держа курфюршескую красную шляпу, обшитую горностаем, обербургграф с мечом курфюрста, канцлер с жезлом и верховный маршал с маршальским жезлом. Все знатные люди, чиновники и представители городов давали личную клятву, повторяя её за секретарём курфюрста Фабианом Калау. День завершился народным гуляньем. На площади перед замком из сооружённой здесь фигуры орла текло вино, а камергеры разбрасывали среди людей золотые и серебряные памятные монеты. Празднование продолжалось угощениями, фейерверками, медвежьей охотой и в последующие дни. Завершилось оно в Альтштадтской ратуше роскошным обедом, который дал город в честь курфюршеской четы. Тем самым был закреплён мир между полновластным сувереном и его столицей.

18 октября 1663 года началась новая эпоха в истории Пруссии, а значит, и Кёнигсберга. Пруссия заметно отошла от союза с польским государством и теснее скрепила его с Бранденбургом. Но до образования из двух земель единого государства было ещё далеко. Ещё долго властвовали в Кёнигсберге по соседству прусские герцогские и бранденбургские курфюршеские чиновники. И всё же Пруссия в своём внутреннем развитии стала шагать в ногу с Бранденбургом. Она избрала не польский путь дворянской республики, который вёл к упадку, а совместно с Бранденбургом шла к абсолютизму и тем самым к укреплению государства. В 1663 году Пруссия была ещё далека от абсолютистского государства, но вехи к нему уже были расставлены. Новый путь дался кёнигсбержцам нелегко. Они не стали ни княжескими холопами, ни бранденбуржцами. Они сохранили сильное прусское самосознание, но должны были учиться думать в масштабах возникающего единого государства.