Вначале пошлину взимали только в Пиллау. Позднее товары, транспортировавшиеся оттуда на лихтерах в Кёнигсберг, облагались пошлиной во вновь отстроенном в 1665 году пакгаузе у Голландского шлагбаума на Прегеле. Таможенные конторы у городских ворот, взимавшие пошлину с товаров, ввозимых в город на телегах и санях, были учреждены лишь в 1707 году. Со временем вокруг Кёнигсберга образовалась единая таможенная система, управляемая государственной Лицент-директорией. Акцизные налоги должны были, по мнению курфюрста, тоже перейти в его ведение, но он всё же оставил их в сфере гражданского самоуправления. По сравнению с методами, разработанными чиновниками курфюрста, городское управление являлось небрежным и беспорядочным. Поэтому не прекращались жалобы на злоупотребления и растраты.

Морская торговля всё ещё оставалась во власти голландцев. Известно то предпочтение курфюрста, которое он отдавал их образу жизни и организации экономики. Голландцы не только привозили в Кёнигсберг свои товары, но и оказывали влияние на культуру и нравы его жителей. Некоторые голландские семьи оседали после женитьбы в Кёнигсберге.

Кёнигсбергскому порту, называемому ещё «оком Бранденбурга», курфюрст оказывал всяческое покровительство. Он углубил фарватер в сторону Пиллау, заложил на Прегеле бурлацкий мол и намеревался с помощью голландца Вибранда фон Воркума вновь наладить строительство кораблей на одной из верфей в Континене, однако повсюду натыкался на сопротивление горожан, привилегии которых по этой причине нарушались. Сильнейшее препятствие любому прогрессу оказывал сильный цех владельцев лихтерных судов, обеспечивавших перевозку грузов между Пиллау и Кёнигсбергом. Курфюрст так и не смог сломить их сопротивление против улучшения транспортных условий. Это удалось лишь Фридриху Вильгельму Ⅰ, который в 1719 году ввёл судовой мореходный кодекс. Чуть большего успеха курфюрст достиг в борьбе с другими унаследованными приёмами торговли, превратившимися в злоупотребления: применение неправильных мер веса и длины, злоупотребления бракёрским клеймом. Переход экономики от цеховых форм средневековья к основным принципам абсолютизма длился долго и сопровождался всякого рода разногласиями.

Очень сильно средневековому укладу были подвержены и ремёсла. Некоторые цехи ремесленников возникли в это время заново. Так, шлифовальщики янтаря получили грамоту лишь в 1663 году, вслед за ними бондари, медники, вязальщики беретов и штанов, якорные кузнецы, оружейники, изготовители гребней и щёток. Особую привилегию имели купорщики. Их работа состояла в разгрузке кораблей. Обслуживали они при этом и педальные колёса кранов. Так как судоходство зимой не велось, они были обязаны нести в ночное время охрану и принимать участие в тушении пожаров. За выполнение этих обязанностей они получили право хоронить тех умерших, которые не доставлялись на кладбище цехами и товариществами. Свою привилегию они рьяно защищали от носильщиков масла, которые стремились создать им конкуренцию. Купорщики, артель сильных мужчин, остались признанными носильщиками мертвецов вплоть до введения института свободных профессий и ремёсел.