После всех доработок, в начале июня 1940 года И-180-3 был передан для прохождения Государственных испытаний. Поначалу все шло неплохо, в рамках утвержденной программы.
5 июля, уже ближе к вечеру (в 19 часов 15 минут), летчик-испытатель НИИ ВВС капитан Прошаков вылетел на этой машине для отработки фигур высшего пилотажа. Это был 45-й полет Е-3, 10-й полет Прошакова на этом типе- На высоте 3500 метров, при выполнении правой бочки самолет сорвался с фигуры и после нескольких кувырканий перешел в перевернутый штопор. Пилоту справиться со штопорящей машиной не удалось, и он на высоте 1000 метров покинул ее. вращаясь в перевернутом положении, врезался в землю в окрестностях аэродрома, Прошаков благополучно приземлился на парашюте.
Точные причины происшествия установить не удалось. Б качестве возможной версии аварийной комиссией предполагались заклинение рулей высоты или деформация передней кромки стабилизатора. Поликарпов, а вместе с ним и Уляхин виновным считали Прошакова, который, по их мнению, не справился с управлением и сам создал ситуацию, приведшую к срыву в штопор. С другой стороны, и это считалось маловероятным, ибо Афанасий Прошаков считался одним из лучших пилотажников НИИ.
Афоню - так называли его свои - любили и уважали, прежде всего, за выдающееся летное мастерство.
Каковы бы ни были причины случившегося, репутация И-180 оказалась в очередной раз подпорченной. Словно злой рок витал над этой машиной. Казалось - куда уж больше. За полтора года из шести построенных потеряно четыре самолета, погибли двое лучших летчиков-испытателей. Имелось недоверие и к другим самолетам Поликарпова. В апреле 1940 года на двухмоторном СПБ погиб летчик Головин с экипажем, а 20 июля, через две недели после потери Е-3, произошла катастрофа СПБ, пилотируемого Михаилом Липкиным,
22 июля на специальном совещании в Управлении ВВС было решено один из двух оставшихся серийных И-180 - № 25211 - передать для проведения испытаний на устойчивость в ЦАГИ, Другой самолет - № 25213 - чуть ранее был сдан в полк боевого применения для испытания вооружения.
Что касается серийной постройки, то ока по-прежнему задерживалась, не столько из-за негативного отношения к самолету, сколько из-за отсутствия двигателей М-88. Те моторы, которые уже были получены, считались непригодными по причине недостаточной надежности. В августе 1940 года в кулуарах Наркомата авиапромышленности ходили слухи о снятии М-88 с производства и, как следствие, снятии с программы И-180. Обстоятельства складывались весьма благоприятно, чтобы покончить, наконец, с поликарповским "супер-ишаком". Уже давно летали опытные истребители других конструкторов, и желающих заполучить горьковский авиазавод имелось предостаточно.
В сентябре 1940 года приказом Народного комиссара авиапромышленности Шахурика И-180 был снят с производства, с заменой его истребителем ИП-21 конструктора Пашинина. Чуть позже с плана сняли и самолет Пашинина, заменив его на И-200 (МиГ-1), еще позже, и на этот раз - окончательно, решили выпускать в Горьком ЛаГГи. Казалось - все разумно. Тем не менее, можно с полной уверенностью утверждать, что продолжение именно производства И-180 стало бы правильным решением. В конце 1940 года это был единственный подготовленный к серийному тиражированию истребитель с двигателем воздушного охлаждения. Еще более совершенный И-185, являвшийся последовательным развитием предыдущей конструкции, как говорится, наступал ему на пятки. Что касается двигателей воздушного охлаждения, то период трудностей, связанный с их развитием, похоже, заканчивался. Если придерживаться теории о наличии в совершенствовании авиационных двигателей некоей цикличности (сначала в развитии лидируют двигатели воздушного охлаждения, затем рядные двигатели жидкостного охлаждения vt т. д. и ъ д.), то по всем признакам приближалось время звездообразных двигателей воздушного охлаждения.