Как всегда, оказалось много недовольных усилением московских властей даже среди лояльного населения. Казачья старшина на Правобережной Украине требовала себе боярских привилегий, католики-литвины и украинские евреи настаивали на своей независимости и самостийности. Остатки ногаев в междуречье Волги и Дона привычно грабили всех подряд, ибо не знали других способов заработка. По совету русов и авторитетного для царя лекаря Алексея Кочнева, недовольных подданных не вешали и не подкупали, как было принято ранее. Им предоставлялось право переселиться в Сибирь с сохранением всего имущества и выплаты немалых денег на хлопоты либо покинуть страну в любом направлении без имущества. Подавляющее большинство выбирало Сибирь, с пустыми руками отправляться за границу никто не желал. К тому же на юге Московской Руси беспрепятственно работали агенты влияния русов, агитировавшие недовольную московскими порядками молодежь на переселение в Африку и Америку либо на обучение в Новороссию. Учитывая принятые меры и безоговорочное превосходство стрельцов в военной мощи против любого кочевого племени, крупных бунтов на огромных южных землях Руси удалось избежать. Евреи с помощью русов добровольно-принудительно переселялись в Израиль, а католики ставились перед свободным выбором: сохранить веру и жить в Сибири либо остаться на родине, но православными христианами. Многие оставались жить в Литве.
Постепенно русским дьякам и воеводам, на примере русов, удалось наладить добровольно-принудительное переселение прочих недовольных и неудобных православных подданных на восток, на черноземы Южного Урала и на Алтай. Сопротивление Боярской думы посол Новороссии преодолел привычным для шестнадцатого века путем подкупа, средств для этого в стране хватало. Подарок наместника Петра царю Ивану Пятому Ивановичу для обороны Южного Урала тысячи ружей и сотни пушек с двойным боеприпасом сыграл окончательную роль, убедив сомневавшихся советников царя. Остроги по реке Яик и притокам возникли почти на полтора века раньше, чем в прежней истории Руси. А еще не закабаленные крестьяне из Центрального Нечерноземья спешили перебраться на вновь открытые богатые земли, где нет бояр и земельный надел нарезался по желанию любому православному бесплатно.
Активные в прежней истории Руси набеги башкир, ногайцев и казахов в Поволжье и Приуралье на сей раз легко отбивали скорострельными и дальнобойными ружьями и пушками. А к концу девяностых годов шестнадцатого века, когда русы через северную Индию и Афганистан пробрались в Среднюю Азию, набеги на русские земли стали затихать. Все башкирские и казахские кочевья устремились на юг, где узбекские, туркменские и киргизские ханы судорожно набирали наемников для своей защиты. Слишком жестоким и стремительным оказалось наступление механизированной группы войск русов на среднеазиатские ханства. Афганистан и Туркестан были захвачены русами за два месяца, несмотря на отчаянное сопротивление бежавших туда приверженцев могольской империи. По проложенным взрывчаткой дорогам грузовики и боевые машины, словно иголки, проткнули узкие ущелья Афганистана и Туркестана, вырвавшись на оперативный простор южных степей и полупустынь Средней Азии.