Медсестра Ванесса Хант, присутствовавшая при обследовании тела, сообщила о том, что на месте происшествия было очень мало крови, в то время как смертельная кровопотеря обычно равна пяти пинтам (пинта — 0,568 литра. — Прим. ред.). Анестезиолог Сирл Сеннетг, травматолог Дэвид Хэлпин, рентгенолог Стивен Фрост, специалист по сосудистой хирургии Мартин Бернстайнгл, патологоанатом Питер Флетчер и консультант по вопросам здравоохранения доктор Эндрю Роуз сошлись во мнении, что объявленная причина смерти от большой кровопотери при повреждениях такого характера крайне маловероятна. Во время расследования не подтвердилось и то, что Келли принял 29 таблеток обезболивающего. Токсикологи утверждали, что количество принятых им таблеток составляло около трети от смертельной дозы. И еще один важный вопрос: почему полиция начала проведение поисковой операции «Каменщик» за девять часов до поступления сообщения о пропаже Келли?
Предсмертной записки не было. Но в феврале 2003 года Келли как-то сказал: «Если мы войдем в Ирак, то меня, скорее всего, обнаружат мертвым где-нибудь в лесу».
Предположения, что Келли был убит, основаны на убеждении, что он представлял собой источник повышенной опасности. Его было необходимо заставить молчать. В качестве инспектора по вооружению ООН Келли около сорока раз побывал в Ираке для расследования программ по производству ОМП. Он считал, что решение о вторжении в Ирак было основано на данных, сфальсифицированных правительством, и готов был поведать об этом прессе.
В феврале 2004 года в радиопередаче Алекса Джоунса адвокат Майкл Шримптон рассказал слушателям о том, что хотя в упаковке с обезболивающим, обнаруженным рядом с телом Келли, недоставало 29 таблеток, в его желудке было обнаружено менее чем полтаблетки. Он также настаивал на том, что Келли получил инъекцию не оставляющего следов хлорида суксаметония, а его запястье было порезано для того, чтобы скрыть место инъекции. Убийство, полагает Майкл, могло быть осуществлено агентами французских разведслужб. На интернет-ресурсе Алекса Джоунса содержится заявление о том, что Шримптон убежден: средства массовой информации Соединенного Королевства намеренно прикрыли убийство. Одной из причин было нежелание смещения премьер-министра Тони Блэра, поскольку это могло сорвать планы перехода Великобритании на евро.
Высокопоставленный инспектор биологического оружия в составе комиссий США и ООН Ричард Шпитзель, работавший вместе с Келли несколько лет в Ираке, сказал: «Я не исключаю возможности, что за убийством стояла иракская разведка, из-за своей «многолетней неприязни к Дэвиду». Мы оба находились в иракских списках людей, намеченных к ликвидации».
Время шло, история Келли была погребена под толщей других событий, а оружия массового поражения в Ираке так и не нашли. Основной удар расследования Хаттона пришелся на Би-би-си: Эндрю Гкплиган, генеральный директор и председатель правления вынуждены были подать в отставку; правительство получило возможность обуздать корпорацию, склонную ставить под сомнение решения руководства страны.