По прошествии 48 часов после смерти Беназир правительство получило расшифровку одного телефонного разговора, в котором человек, представившийся как Месхуд, спрашивает, были ли убийцы «нашими людьми». Получив утвердительный ответ, Месхуд произносит: «Те, кто убил ее, были поистине бесстрашными парнями».

Едва прошло первое потрясение, как начали появляться первые теории происшедшего. Многие пакистанцы полагали, что «в этом замешана Америка при содействии Мушаррафа».

Официальный представитель исламистской партии «Джамаат-е-ислами» Лиакат Балох выразил убежденность в том, что «данное покушение было сфабриковано правительством. Оно явилось частью стратегии США, направленной на то, чтобы вселить в людей страх, вызванный неизбежностью распада Пакистана». Чем не повод для того, чтобы и дальше откладывать проведение выборов, шансы Бхутто на победу в которых выглядели все более и более реальными

Умеренные конспирологи не решились обвинить Мушаррафа или даже членов его правительства. Просто покушению было позволено случиться, заявляют они (подобно тому, как администрации Буша, вероятно, не воспрепятствовала осуществлению атак 11 сентября 2001 года). Как известно, после покушения в Карачи Бхутто попросила предоставить ей усиленную охрану. Ей нужны были блокираторы радиовзрывателей, пуленепробиваемое стекло, эскорт полиции, но она не получила требуемого. Она желала иметь личных телохранителей из охранных компаний Blackwather или Armorgroup, но правительство Пакистана отказало им в выдаче виз.

После атаки террориста-смертника в Карачи Бхутто сообщила одному из журналистов: «Если на то будет воля Божья, ничего не произойдет. Но если что-то все же произойдет, ответственное 11. за это будут нести люди, имена которых я назвала в письме Мушаррафу от 16 ноября, и сам Мушарраф лично». По поводу личностей и их «конкретных людей» велись оживленные споры, но большинство подозреваемых объединяет одно: они все работают или некогда состояли в рядах межведомственной разведки Пакистана (ISI). Огромная, могущественная и коррумпированная ISI получила название «государство в государстве». Начало карьерного пути многих ее высокопоставленных представителей или бывших руководителей берег начало еще во времена режима генерала Мухаммеда Зия-уль-Хаки, военного диктатора, в конце семидесятых сместившего с должности и казнившего отца Беназир Бхутто, бывшего премьер-министра Зульфикара Али Бхутто. Противостояние клана Бхутто и 181 имело долгую историю, и убийство Беназир Бхутто вполне могло стать очередной страницей старой вендетты.

У ISI и в самом деле имелись причины опасаться режима Бхутто. По некоторым сведениям, в день своей смерти Беназир должна была представить доказательства того, что в верхах ISI оседают миллионы долларов из денег, выделяемых США на войну с исламскими террористами. По слухам, некоторая часть этих денег даже была выделена на подтасовку результатов выборов, которые в противном случае позволили бы Бхутто прийти к власти.

У ISI мог быть еще более веский мотив для убийства Беназир. Как и большинство других влиятельных людей в Пакистане, она имела связи с исламскими экстремистами или симпатизировала им.