Вскоре стало известно, что февральское досье было недостоверным и по большей части основанным на опубликованной в Интернете статье аспиранта какого-то вуза. Но несмотря на это в марте началась война в Ираке. Вовлечение в нее вооруженных сил Великобритании было одобрено как парламентом, так и, в меньшей степени, общественностью. 29 мая журналист Эндрю Гиллиган выступил в эфире радио Би-би-си с заявлением о. том, что из надежного источника в руководстве министерства обороны ему стало известно: правительство «сильно приукрасило» сентябрьское досье, особенно в части готовности развертывания иракского ОМП в течение 45 минут. Взбешенное правительство настаивало на том, чтобы Би-би-си раскрыло источник своего скандального утверждения.
Тем временем Дэвид Келли сообщил своему начальству в министерстве обороны о своей беседе с Гиллиганом. 8 июля правительство объявило о том, что данный источник обнаружен. На следующий день министерство обороны приняло крайне противоречивое решение выдать имя Келли прессе. 15 и 16 июля Дэвид усиленно допрашивался представителями специального комитета палаты общин по внешним связям, а также разведслужб и комитета по вопросам безопасности. Он сообщил, что действительно беседовал с журналистом, но ничего не говорил о фальсификации досье.
17 июля Келли вышел из своего дома в Оксфордшире, чтобы прогуляться перед сном. После того как он не возвратился в обычное время, были начаты его поиски. На следующий день в лесу, в двух милях от дома, было обнаружено его тело. 20 июля компания Би-би-си объявила, что источником информации все-таки был Келли.
Первыми обнаружили тело волонтеры Луиза Холмс и Пол Чапмен. Мистер Келли сидел, прислонившись к стволу дерева. Волонтеры бросились в полицию. На пути они встретили трех «следователей в гражданской одежде» и указали им путь к телу. Позже в полицейском отчете сообщалось о том, что покойник лежал навзничь на земле рядом с деревом.
Доктор Николас Хант, производивший вскрытие, определил, что Келли, по всей вероятности, умер, лежа на спине. При осмотре обнаружилось, что Дэвид взял с собой на прогулку большое количество таблеток обезболивающего средства — копроксимола. Некоторое количество этого вещества было найдено в его желудке, а на левом запястье имелся глубокий порез. Исходя из этого, доктор Хант сделал вывод, что Келли покончил жизнь самоубийством, смерть наступила из-за кровопотери вследствие вскрытия вены, а также из-за принятия чрезмерной дозы сильнодействующего лекарства.
В дальнейшем верховный судья лорд Хаттон провел расследование обстоятельств, повлекших смерть Келли, и роль в них Би-би-си и правительства. В своем отчете, опубликованном в январе 2004 года, Хаттон подверг Би-би-си суровой критике и по большей части снял с правительства обвинения в устранении Келли. Он согласился с заключением Ханта, что Дэвид покончил жизнь самоубийством.
16 марта 2004 года коронер из Оксфорда Николас Гардинер заявил, что расследование смерти Келли закончено. Те, кто подвергал сомнению версию самоубийства, были, по мнению Гардинера, «сторонниками теории заговора».