Опытный взгляд Войнича датировал книгу предположительно XIII веком. Но прямых доказательств этого не имелось. В рукописи оказалось сопроводительное письмо, адресованное ученому-иезуиту Атанасиусу Кирхеру. Автором письма был Ян Маркус Марци, являвшийся ректором пражского университета в середине XVII века. В письме он рассказывал об истории рукописи. Некогда она была куплена в Праге императором Рудольфом II у неизвестного торговца за 600 дукатов — огромную по тем временам сумму. Рудольф считал, что она принадлежит перу знаменитого ученого Роджера Бэкона.

Затем император подарил манускрипт своему фармацевту и доверенному лицу Якобусу де Тепенецу, о чем оставил дарственную надпись на книге. Позже Войнич выяснил, что произошло это в 1608 году.

После смерти де Тепенеца рукопись попала к Марци, и тот в 1666 году отправил ее Кирхеру, заметив при этом, что он единственный человек, который сможет ее прочесть.

Неизвестно, прочел ли ученый иезуит эту рукопись, но хранилась она вместе с остальной перепиской Кирхера на вилле Мондрагон во Фраскати, которую иезуиты приобрели в 1866 году.

Войнич так и не смог расшифровать рукопись и обратился за помощью к виднейшим ученым того времени, впрочем, согласно договоренности с иезуитами, скрывая истинную историю книги и то, как она попала к нему в руки. Но никто так и не смог прочесть таинственную книгу, хотя несколько раз казалось, что тайна манускрипта разгадана.

В 1919 году за расшифровку рукописи взялся профессор Уильям Ньюболд, ведущий криптограф из США. Спустя два года он опубликовал свою версию расшифровки. Он предположил, что строка на последней странице — это ключ к тексту. Основываясь на этой строке, он придумал шифр и написал «перевод» книги. Согласно Ньюболду, манускрипт написан Роджером Бэконом в XIII веке и рассказывает о строении внутренних органов человека, клеток, сперматозоидов, а также затмении Солнца и туманности Андромеды — знания, неизвестные в XIII веке.

Впрочем, Ньюболд признавался, что каждый раз при расшифровке у него получаются новые результаты. После смерти профессора британский криптограф Джон Мэнли опубликовал статью, в которой доказал, что Ньюболд принимал за знаки штрихи, появившиеся на манускрипте от старости.

Расшифровку признали недействительной, но тем не менее до сих пор это единственная досконально проработанная версия. Все остальные ученые не смогли выдвинуть ничего похожего, хотя применяли самые разнообразные методы.

В 1930 году Войнич умер, и рукопись досталась по наследству его жене. Она предприняла еще ряд попыток расшифровать рукопись, тем более что криптография к тому времени ушла далеко вперед, но все они окончились безрезультатно, впрочем, все-таки расширяя при этом знания о манускрипте.

Так, в 1944 году ботаник Хью О’Нилл увидел на страницах рукописи американские подсолнух и красный перец — что доказывало, что рукопись все же не могла быть написана раньше путешествий Колумба. Правда, в манускрипте Войнича красный перец изображен зеленым, а подсолнух имеет странную форму.