Наряду со штабом А. Дзасохова и сменившим его в полдень 1 сентября 2004 года штабом В. Андреева были созданы как бы ведомственные штабы, обязанные исполнять распоряжения главного штаба.
О бросающейся в глаза разобщенности деятельности штабов говорит и их месторасположение. В здании АМС г. Беслана образовалось следующее расположение находившихся там структур и должностных лиц.
На первом этаже (левое крыло) — ФСБ (генералы Андреев В. А. и Калоев Т.). Рядом на этом же этаже с 15 часов разместился Проничев В. Е. и другой заместитель директора ФСБ В. Анисимов. На третьем этаже, в левом крыле здания, находились Президент республики А. С. Дзасохов, Председатель Парламента Т. Мамсуров, Полномочный представитель Президента РФ в Южном федеральном округе В. Яковлев, а также группа депутатов Госдумы во главе с Рогозиным Д. О. В правом крыле третьего этажа приступили к своей работе руководители спецподразделений «Альфа» и «Вымпел» во главе с генералом Тихоновым А. Н.
И все же самой закрытой и загадочной была структура, расположившаяся в южном крыле первого этажа АМСУ, тщательно хранившая детали своей работы даже от членов вышеупомянутых штабов. Там находились так и не вошедшие ни в одну официальную штабную структуру заместители Н. Патрушева — В. Проничев и В. Анисимов, а также М. Паньков, Т. Калоев и другие.
Не менее загадочной являлась и структура, расположенная на втором этаже в центре здания АМС. Это был своего рода «идеологический штаб», где, как теперь становится ясным, готовилась (редактировалась, цензурировалась и т. д.) информация перед ее официальным обнародованием. Именно здесь, скорее всего, родилась пресловутая цифра о числе заложников — 354, имевшая хорошо всем теперь известные последствия.
Именно туда вызывали 2 сентября 2004 года «на проработку» заместителя Председателя Парламента Республики Северная Осетия-Алания С. Кесаева, все эти дни находившегося на месте событий и выполнявшего поручения Президента Республики Северная Осетия-Алания А. С. Дзасохова, где господин, представившийся членом штаба, пытался внушить ему, что называть следует цифру заложников, установленную в штабе.
Дополнением к сказанному может быть то, что командарм-58 В. Соболев разместил свой командный пункт вне здания АМС района. Б. Дзгоев, находившийся, по его собственному выражению, «в резерве», также располагался вне здания АМС. Как и Министр внутренних дел РСО-Алания, почему-то не вошедший в ОШ, но продолжавший исполнять свои обязанности. Общепризнанным также является, в случае с Бесланом, что система ГрОУ не сумела решить поставленные задачи и делегированные полномочия.
О формальном характере назначения В. Андреева руководителем ОШ можно судить по общеизвестным фактам. Глава УФСБ по Республике Северная Осетия-Алания покидал штаб и терял, таким образом, нити управления операцией десятки раз: выступая перед жителями Беслана вдали от ОШ, встречаясь с журналистами, сопровождая 2 сентября Р. Аушева до школы или же группу МЧС 3 сентября до первого кольца оцепления и т. д. Мог ли поступать подобным образом генерал, от действий которого зависела жизнь сотен людей? Это или исключено, или же, напротив, вполне возможно, если за В. Андреева принимали решения (фактически руководили) его непосредственные начальники — В. Проничев и В. Анисимов, а возможно, и начальник ОКУ по СК ФСБ России Т. Калоев.