Еще на начальном этапе разработки планов наступления в советском командовании произошли серьезные изменения. К.К.Рокоссовский был назначен командующим 2-м Белорусским фронтом, а на посту командующего 1-м Белорусским его сменил Г.К.Жуков. На 3-м Белорусском и 1-м Прибалтийском фронтах изменений не было, ими по-прежнему командовали И.Д.Черняховский и И.Х.Баграмян.
Общий замысел Восточно-Прусской кампании заключался в следующем. Войска 2-го Белорусского фронта должны были ударом в северо-западном направлении отсечь группу армий "Центр" от основных сил Рейха, тем самым обеспечив безопасность правого крыла 1-го Белорусского фронта. В свою очередь, силы 2-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов должны были прижать немецкую группировку к морю, расчленить на несколько частей и последовательно их уничтожить.
Прорывы обороны противника планировались на довольно узких участках фронта с привлечением большого количества артиллерии — от 200 орудий и минометов на 1 км фронта. Такая тактика была продиктована характером местности и плотностью немецкой обороны.
Восточная Пруссия исторически неоднократно становилась местом столкновения интересов различных стран. В частности, для Российской Империи Первая мировая война началась именно с Восточно-Прусской операции, проводимой против кайзеровской Германии. Во время гражданской войны именно отсюда началась интервенция немецких войск на территорию молодой Советской республики. Дополнительно значимость Восточной Пруссии подчеркивает и тот факт, что вплоть до 1944 года именно здесь находилась главная ставка Гитлера — Wolfsschanze ("Волчья яма"), которая располагалась в глубоком бункере недалеко от Растенбурга. Неудивительно, что регион изобиловал старыми фортами и крепостями, которые были модернизированы уже нацистской Германией и подготовлены к современным условиям ведения войны. Одновременно Рейх построил и новые оборонительные позиции с большим количеством дотов и дзотов, которые вместе с естественными преградами в виде рек, озер и болот, представляли чрезвычайно серьезное препятствие для наступающих войск. Труднопреодолимой преградой были Мазурские болота, защищавшие Восточную Пруссию с востока, они считались практически непроходимыми не только для техники, но даже и для пехоты.
Строительство и укрепление защитных сооружений здесь началось еще до войны и практически не прекращалось до весны 1944 года. Глубина оборонительных позиций достигала 200 километров, по сути, вся Восточная Пруссия была одним сплошным укрепленным районом.
После практически полного разгрома группы армии "Центр" в ходе операции "Багратион", немецкому командованию удалось в короткие сроки в значительной степени восстановить ее. К началу 1944 года войска Вермахта располагали в данном регионе следующими силами: 35 пехотных, 4 танковые и 4 моторизованные дивизии, самокатная бригада (велосипедное подразделение) и две отдельные группы. Всего в них числилось 580 тысяч солдат и офицеров, более 8 тысяч орудий и минометов, более 700 боевых самолетов. Командовал группой армий "Центр" генерал Рейнгардт. Кроме того, для обороны Восточной Пруссии было привлечено около 200 тысяч человек из подразделений фольксштурма и организации Тодта, которые формально не входили в состав Вермахта. Таким образом, общая численность немецких войск в Восточной Пруссии достигала почти 800 тысяч человек. Как видно, немецкое командование приложило максимум усилий, чтобы сохранить за собой Восточную Пруссию. Для сравнения, к началу января 1944 года, в трех советских фронтах было сосредоточено: 1669 тысяч человек, 25400 орудий и минометов, около 4000 танков и самоходных артиллерийских установок и более 3000 боевых самолетов.