Позднее, когда маньчжуры покорили Китай и основали династию Цин, для предотвращения восстаний ханьцев (доманьчжурского населения Китая) обучение боевым искусствам было запрещено. Этот запрет действовал с 1644 по 1911 годы. Для того чтобы сохранить эти знания, шаолиньские боевые техники были переданы мирянам, а в самом монастыре все это время практика ушу сохранялась в тайне. Число шаолиньских монахов-солдат уменьшилось с нескольких тысяч до нескольких сотен. В соответствии с анналами Шаолиня, со времени возведения до конца династии Цин (1911 г.) монастырь был трижды сожжен. Благодаря огромным земельным владениям Шаолинь стал одним из богатейших монастырей Китая. Это было одним из факторов, неоднократно привлекавших к нему бандитов. В древнем Китае банды могли насчитывать более десяти тысяч человек; китайская история изобилует грабежами и убийствами.

При династии Цин наиболее значительное влияние на китайский народ оказали 1839—40 годы. Тогда разразилась Опиумная война между Британией и Китаем. Потерпев в ней поражение, Китай начал понимать, что при помощи традиционных боевых методов, традиционного оружия и рукопашного боя невозможно противостоять огнестрельному оружию. Вековые ценности китайской культуры оказались в опасности. Традиционное достоинство и гордость китайцев пошатнулись, возникли сомнения в том, что именно Китай является центром восстающего мира. Вера китайцев в самосовершенствование начала слабеть, а тем временем ситуация продолжала ухудшаться. В 1900 году, когда объединенные силы восьми стран (Британии, Франции, США, Японии, Германии, Австрии, Италии и России) заняли Пекин во время Боксерского восстания, достоинство Китая было окончательно попрано. Многие китайцы стали ненавидеть собственную культуру, построенную на принципах духовного совершенствования и гуманности. По их мнению, спасти страну могли не эти традиционные культурные устои, а ориентация на западный мир. Китайцы начали открываться внешнему миру, в моду вошли винтовки и пушки.

В 1911 году династия Цин пала в результате революции Сунь Ятсена. Благодаря позитивному влиянию на умы уроков оккупации, значение китайских боевых искусств было подвергнуто пересмотру, и постепенно их секреты начали открываться широкой публике. С 1920 по 1930 годы было опубликовано множество книг по боевым искусствам. Но этот период также известен гражданской войной, в которой Чан Кайши пытался объединить страну. К сожалению, в 1928 году в районе Шаолиньского монастыря состоялось сражение, во время которого монастырь был сожжен в четвертый раз военачальником Ши Юсанем. Пожар длился более сорока дней, разрушив все основные постройки и уничтожив большинство бесценных книг и записей о боевых искусствах.

В этот же период президент Чан Кайши, дабы сохранить китайские боевые искусства, распорядился об основании Нанкинского Центрального института гошу (1928 г.). Для работы в нем были приглашены многие известные мастера. Традиционное название ушу (боевые техники) было заменено на чжунго ушу (китайские боевые техники), или, сокращенно,