Советскими войсками использовались различные способы ведения активных специальных действий. При наличии достаточных сил и средств осуществлялась изоляция определенного района или участка местности с последующим ее осмотром, тщательным обследованием и разгромом обнаруженных бандформирований. Такой способ неоднократно использовался при проведении операций в Панджшере против вооруженных формирований Ахмад Шаха Масуда, в декабре 1983 года в зеленой зоне Чарикарской долины и в других местах. В доступных для применения боевой техники участках применялись рейдовые действия на бронетранспортерах, БМП, БМД и танках, в горных условиях рейдовые действия ограничивались применением усиленных мотострелковых, десантных подразделений и формирований специального назначения, действовавших в пешем порядке в тесном взаимодействии с авиацией, артиллерией и бронегруппами. Широкое распространение получили засады, которые стали наиболее эффективным способом борьбы с караванами и отрядами оппозиции при их передвижении. Именно угроза засады лишала моджахедов свободы передвижения даже в контролируемых ими районах, а зачастую заставляла отказываться от использования того или иного маршрута.

Основным пассивным способом ведения специальных действий было отражение нападения бандформирований. Нападения моджахедами осуществлялись путем устройства засад, проведением налетов и осуществлением диверсий. Наиболее сложными были специальные действия подразделений и частей по отражению нападения бандформирований из засады в ходе передвижения по дорогам или в ходе боевых действий. Уставные положения по организации боевого, походного, сторожевого и непосредственного охранения не вполне соответствовали обстановке ведения противопартизанских действий. Так, ни походные заставы, ни разведывательные дозоры, действовавшие по дорогам или вдоль дорог, не могли предотвратить внезапное нападение на охраняемые подразделения, поскольку их действия могли быть эффективными для обнаружения войск противника, изготовившихся к бою с целью прочного удержания своих позиций или ведущих наступление в боевых или предбоевых порядках, а не тщательно замаскированных формирований моджахедов, целью действий которых было нанесение максимально возможного ущерба за минимальное время и быстрый отход. Отражение налетов на сторожевые заставы и посты на дорогах, а также на многочисленные небольшие подразделения, прикрывавшие различные военные и промышленные объекты, осуществлялось в основном в форме оборонительного боя. Особенностями такого боя являлись его внезапность и скоротечность, не позволявшие использовать все огневые и другие боевые возможности подразделений и средств их поддержки. Только хорошо продуманное, подготовленное и немедленное мощное огневое воздействие по всем выявленным и возможным местам расположения элементов боевого порядка, особенно позиций реактивных установок, минометов и других огневых средств бандформирований, вело к срыву нападения и уменьшало потери. Пассивное противодействие диверсиям на дорогах с применением бандформированиями мин различного назначения без тактического и огневого соприкосновения с советскими войсками осуществлялось в рамках инженерного обеспечения. О серьезном влиянии минно-взрывных заграждений противника на характер и содержание боевых действий говорит тот факт, что 18 % боевых потерь личного состава и 74 % техники вызвано применением мин и фугасов (рассчитано по данным, приведенным в книге А. А. Ляховского «Трагедия и доблесть Афгана»). Особенностями инженерного обеспечения специальных действий являлись короткое время безопасности того или иного разминированного участка и необходимость усиленного охранения инженерных подразделений при выполнении ими своих задач.