Второй этап – появление и развитие форм специальных действий объединений, соединений и частей Советских Вооруженных Сил (1979–1991 гг.). На данном этапе развитие содержания и форм специальных действий делает качественный скачок и выходит за рамки разведывательного обеспечения операции (боевых действий). Боевое применение соединений и частей специального назначения становится самостоятельной составной частью специальных действий объединений Вооруженных Сил.

Существенные изменения в содержании и формах специальных действий были вызваны требованиями подготовки и ведения реальных боевых действий в Афганистане. Советская Армия по идеологическим причинам не готовилась к ведению противопартизанской борьбы. Как и другие соединения и части 40-й Армии, соединения и части специального назначения были вынуждены выполнять в Афганистане боевые задачи, которые не предусматривались полевыми и боевыми уставами, руководствами и наставлениями. Выполнение специальных задач с самого начала потребовало специальных форм их выполнения. Специальная акция 27 декабря 1979 года по захвату дворца Тадж-Бек и ликвидации Х. Амина, проведенная 154-м отдельным отрядом 15-й бригады специального назначения ТуркВО во взаимодействии со спецподразделениями КГБ и парашютно-десантной ротой ВДВ, положила начало 9-летним специальным действиям советских войск в Афганистане. Потерпев неудачу в открытых боях с подразделениями и частями советских войск, мятежные части и подразделения афганской армии и вооруженные отряды оппозиции с весны 1980 года в основном перешли к партизанским методам ведения войны. Противопартизанская борьба с вооруженными иррегулярными формированиями моджахедов стала основным содержанием боевых действий соединений, частей и подразделений 40-й Армии. Однако отсутствие каких бы то ни было руководящих документов, отсутствие в Основах подготовки и ведения операций Вооруженных Сил, в полевых и боевых уставах особенностей подготовки и ведения противопартизанских (противодиверсионных) действий существенно осложнило действия советских войск.

Изложенный в уставах порядок разгрома противника при ведении обычных боевых действий в наступлении и обороне не соответствовал реальной боевой обстановке. Бандформирования применяли специальную тактику партизанской войны, уклоняясь от открытого столкновения с советскими частями и подразделениями. Совершив внезапное нападение на колонну из засады или налет на стационарный объект, нанеся максимальные потери за минимально возможное время в живой силе и технике, вооруженные отряды оппозиции немедленно покидали район боевых действий при неблагоприятно складывающейся для них обстановке. Поэтому разгром противника в открытом бою становился, как правило, невозможным, а овладение участком местности, где ранее он находился, – бессмысленным. Первоочередной задачей противодиверсионной борьбы стало своевременное обнаружение бандформирований. Применение противником специальных способов и форм ведения вооруженной борьбы вынудили советские войска искать соответствующие способы и формы вооруженного противодействия