Применение специальных методов ведения войны моджахедами оказало влияние не только на действия сухопутных войск, но и авиации. Появление у бандформирований крупнокалиберных пулеметов, зенитных установок, переносных зенитных ракетных комплексов вначале советского производства, а затем американских «Стингеров» и английских «Блоупайпов», существенным образом повлияло на тактику действий ВВС 40-й армии, заставило привлекать значительные силы для создания зон безопасности в районах аэродромов. Применение моджахедами ПЗРК в районах аэродромов во время взлета и посадки самолетов и вертолетов, на обычных маршрутах их пролета, а также для противовоздушного прикрытия районов базирования и самих бандформирований в ходе боевых действий показало высокую эффективность использования ПЗРК диверсионными формированиями. Так, за девять лет войны вооруженными отрядами оппозиции было уничтожено 114 самолетов и 332 вертолета ВВС ОКСВ, а также 120 самолетов и 169 вертолетов афганской армии.
В 1981 году во время обучения в Военной академии им. М. В. Фрунзе автор в дипломной работе обосновал и защитил предложение о формировании в составе бригад специального назначения подразделений ПВО, оснащенных ПЗРК и предназначенных для борьбы с воздушными целями в тылу противника. Однако предложение было отвергнуто руководством соответствующего направления ГРУ ГШ по причине несоответствия задач ПВО целям и задачам военной разведки.
После вывода советских войск из Афганистана организационно-штатная структура 15 и 22 бригад СпН в 1989 году была существенно изменена. Бронированная боевая техника, автоматические гранатометы, средства управления, обеспечивающие формированиям специального назначения связь в реальном масштабе времени со штабами, авиацией и артиллерией, в том числе космические средства связи, были изъяты из бригад по причине несоответствия задачи противодиверсионной борьбы целям и задачам военной разведки. Девятилетняя борьба соединений, частей и подразделений специального назначения с иррегулярными вооруженными формированиями была признана исключительным, нетипичным случаем их боевого применения. В результате такого подхода при разработке нового Руководства по боевому применению соединений, частей и подразделений специального назначения, введенного в действие в 1991 году, задачи борьбы с иррегулярными вооруженными формированиями противника не были включены в перечень специальных задач.
Поэтому в январе 1990 года, когда 15 обр СпН ТуркВО, прибыв в Баку со штатным вооружением, вновь получила задачу по борьбе с незаконными вооруженными формированиями Народного фронта Азербайджана, решением Министра обороны СССР было совершено 37 рейсов самолетами «Ил-76» ВТА и доставлено из Ташкента свыше 20 единиц бронированной боевой техники, десятки автомобилей, а также средства связи, позволяющие вести переговоры в телефонном режиме в КВ диапазоне. Наличие большого количества офицеров и прапорщиков, имевших опыт борьбы с диверсионными формированиями, позволил бригаде, переданной в оперативное подчинение КГБ СССР, успешно выполнить поставленные ей задачи. После возвращения бригады в апреле 1990 года на место постоянной дислокации нештатные боевая техника и средства связи, несмотря на ходатайство командования бригады, были сданы на базы округа.