В конце концов полковник Конгер решил выкурить Бута и приказал одному из сыновей Гарретта собрать сухие ветки под стенами старого склада. Но как только Бут понял, что происходит, тут же облил парня самой грубой руганью, пригрозив спустить в него груду свинца, если тот не уберется подальше. И, конечно же, угрозы сработали. Но к тому времени полковнику удалось пробраться к задней части склада, втиснуть туда пучок сена с маленькой щели в углу и поджечь.
Изначально склад был сооружен исключительно для табака, и для вентиляции с левой стороны было оставлено маленькое отверстие шириной в четыре дюйма. Сквозь эту форточку солдаты наблюдали, как Бут пытался с помощью стола заградить путь пламени. Актер в последний раз был освещен, чтобы сыграть финальную сцену своего прощального представления.
У военных был строгий приказ: взять убийцу президента живым. Правительство не хотело его смерти: планировалось провести судебный процесс и только потом повесить его. И наверняка все так бы и случилось, если бы не сержант Корбетт по кличке «Бостон» — получокнутый религиозный фанатик. Все солдаты были многократно предупреждены не стрелять без приказа, и, как позже объяснил Корбетт, такой приказ у него был непосредственно от Всевышнего.
Сквозь огромные щели пылающего склада сержант заметил, как Бут выбросил костыли и ружье, и, взяв в руки револьвер, побежал к двери. Он был уверен, что в последней отчаянной попытке побега преступник попробует расчистить дорогу к свободе бессмысленной стрельбой. И, чтобы предотвратить кровопролитие, Корбетт тут же шагнул вперед, направил пистолет на Бута сквозь небольшое отверстие и, помолившись за его душу, спустил курок. После выстрела Бут громко крикнул, подпрыгнул вперед примерно на фут и, смертельно раненый, упал на сено лицом вниз. К тому моменту пламя уже охватила весь склад. Пытаясь вытащить оттуда умирающего убийцу, прежде чем тот поджарится, лейтенант Бейкер ворвался в горящее здание, схватил его, вырвал пистолет из рук и, опасаясь, что Бут мог симулировать ранение, привязал его руки к спине. Затем преступника вызволили из огня и перенесли под крыльцо фермерского дома. Один из военных тут же взобрался в седло и по извилистым дорогам помчался в Порт-Ройал за врачом.
С Гарреттами жила молодая сестра хозяйки — мисс Хэллоуей, школьная учительница. И, узнав, что под крыльцом фермы лежит великий любовник и романтический актер Джон Уилкс Бут, она решила ухаживать за ним как подобает. Притащив матрас для раненого, девушка устроилась рядом и положила под его голову свою собственную подушку. После чего, обняв шею Бута, предложила ему бокал вина, но горло убийцы было парализовано, и он не смог сделать глоток. Положив бокал в сторону, молодая леди намочила свой платок и периодически омывала губы и язык своего подопечного, одновременно массируя его веки.
В таком состоянии Бут мучился примерно два с половиной часа. Желая перевернутся то в одну сторону, то в другую, он молил полковника Конгера сжимать руками его горло и, сквозь неумолимую боль, глухо повторял: «Убейте меня! Убейте меня!» Внезапно, словно забыв о боли, он попросил отправить своей матери последнее письмо, еле слышно прошептав: «Скажите ей… что я поступил так… как считал лучше… и, умер за свою страну».