Не знал тогда ни Пожарский, ни царь, что 16 февраля воевода Шеин подписал перемирие с Владиславом. Переговорщики от Шеина смогли выторговать условия почётные – все ратники могли сохранить при себе холодное оружие и пищали с зарядами, но оставить все пушки и пороховое зелье. Планы царя по возвращению Смоленска были надолго похоронены. Но король обставил перемирие унизительными условиями. Все ратники должны были дать под присягой клятву не предпринимать никаких военных действий в течение четырёх месяцев. А ещё выходящие из лагеря воины должны нести знамёна свёрнутыми, с погашенными фитилями на пищалях, без барабанного боя и преклонить знамёна перед Владиславом. Сам Шеин с воеводами, когда подъедут к королю, должны слезть с коней и низко ему поклониться. Шеину пришлось до дна испить горькую чашу унижения и позора.
Колонны русских выступили из лагеря 19 февраля. Армия была побеждена, но не сломлена. Из двух тысяч наёмников большая часть осталась в лагере и перешла на службу к королю. Шеин же вёл за собой 8056 оставшихся в живых воинов.
Царь узнал о перемирии в начале марта и послал навстречу Шеину Моисея Глебова узнать об условиях перемирия. Воеводу Шеина трудно было обвинить в трусости, он действовал, как всегда, честно и смело. Но ещё до возвращения войска Шеина в Москву царём были назначены бояре для допроса Шеина и других воевод. В состав дознавателей вошли князья Андрей Шуйский и Андрей Хилков, окольничий Василий Стрешнев и дьяки Тихон Бормосов и Дмитрий Прокофьев. На Шеина и Измайлова было заведено «судное дело». Воеводу обвинили в неумелости действий, а всё потому, что во время плена целовал крест на верность Сигизмунду III и по всем полякам радел. А главное – винили в потере «наряда». Суд был скорым и неправым. Уже 18 апреля царь Михаил с боярами слушали приговор. Воеводы Михаил Шеин, Артемий Измайлов и его сын Василий были приговорены к смертной казни, а все поместья их и дворы и вся рухлядь «взяты на государя». Казнены воеводы были через десять дней на Красной площади. Царский дьяк Дмитрий Прокофьев громогласно объявил народу о многих винах приговорённых. Многие ратные люди ответили на неправедный суд и приговор отъездом со службы. В народе и войске Шеина уважали наравне со Скопиным-Шуйским или Пожарским.
Но царю нужен был виноватый в неудачах, и он его «назначил».
Михаил, как и многие ратники, присутствовал на казни, был морально подавлен. Вот уж к кому грязь не липла, так к Шеину. Всегда вёл себя честно, на всех должностях был «государственником» и получил от царя «благодарность».
Не сговариваясь, служилые дворяне пошли на постоялый двор неподалёку, в Белом городе. По-русскому обычаю надо было справить тризну, помянуть безвременно ушедшего из жизни, причём несправедливо казнённого. Все служилые дворяне это понимали, но голос против решения царя никто не поднял. Первую чарку выпили за упокой раба божьего Михаила, как положено, не чокаясь. Те, кому повезло служить с Шеиным, вспоминали знаменательные битвы под его водительством.
Настроение у всех мрачное, скверное, да другого быть не могло. Кто мог сейчас радоваться, так это поляки. Пожарского они боялись, но тот болен и староват для боевых действий в поле. Шеин подавал большие надежды, смел, понимал тактику и молод был. Как раз смена Пожарскому, если бы не царь.