Несмотря на многие трудности, Меркер поставил первую лодку серии XXI пунктуально 1 апреля. К июлю к ней должны были присоединиться еще тридцать лодок. Надеялись, что с апреля будут поставляться миниподлодки серии XXIII водоизмещением 200 тонн по двадцать лодок в месяц. Соблюсти сроки было делом проблематичным в условиях, когда авианалеты то и дело разрушали цеха, но Меркер сдержал свое слово. Однако оказалось, что некоторые заводы по сборке лодок работали на пределе своих возможностей, и потому первые полдесятка лодок серии XXI оказались негодными для участия в боевых операциях и были переданы в школы подготовки подводников. Но проблемы одна за другой снимались при четком руководстве адмирала Топпа, главы комитета по строительству, и сроки выдерживались. Да так успешно, что, несмотря на усиливающиеся бомбардировки со стороны Союзников, в 1944 году был выдан больший тоннаж подлодок, чем в спокойном относительно авианалетов 1942 году. С января по март 1945 года, когда значительные части Германии находились уже в руках врага, выдавалось по 28 000 тонн лодок в месяц – по сравнению с 30 000 тоннами за весь 1941 год.

Но несмотря на все старания возместить потери, несмотря на все улучшения, из-за беспрерывных налетов программа отставала на три месяца от запланированного графика. Никакое вдохновенное руководство работами сверху, никакая самоотверженность рабочих не помогали, так что противник добился своего. Первые пятьдесят лодок серии XXI, запланированные к вступлению в строй на июль 1944 года, были выданы лишь к октябрю.

Пока первые образцы лодок тщательно испытывались на Балтике командирами Топом и Эммерманном, командование подводным флотом готовило руководящие документы по их применению. «Оперативные инструкции по сериям XXI и XXIII» были столь же революционны по характеру, как и сами лодки. До тех пор атаки производились, если возможно, с надводного положения под покровом ночи или с перископной глубины днем. И в том и дом случае командир полагался на свое зрительное восприятие. Но на новых лодках человеческий глаз заменяли множество сверхчувствительных приборов, которые фиксировали пеленг и курс противника, то есть давали данные, необходимые для атаки. Ушло время, когда командир в одиночку наблюдал за целью и вычислял данные для атаки. Его позиция днем у перископа или на мостике ночью уже перестала быть нервным центром операций. Гидрофон «Балкон» обнаруживал противника на дистанции до пятидесяти миль, а когда дистанция сокращалась до пяти-восьми миль, приступал к делу сверхзвуковой детектор и снабжал командира точной информацией о дистанции, курсе, скорости хода, числе и типе целей.

Стандартные типы торпед, которые выпускали по одной или залпом по две и шедшие прямым курсом или под заданным углом, также ушли в прошлое. Новые лодки уже будут выпускать торпеды, которые будут пересекать курс конвоя, а сами лодки при этом будут держаться на глубине 40-50 метров вблизи транспортов или прямо под ними, где корабли эскорта не смогут ни обнаружить их, ни забросать глубинными бомбами из-за боязни нанести повреждения судну, которое они охраняют.