Чрез шесть недель Иоанн назвал Василия Государем, Великим Князем Новагорода и Пскова, изъявлял холодность к невестке и ко внуку; однако ж долго медлил и совестился отнять старейшинство у Последнего, данное ему пред лицом всей России и с обрядами священными. Еще Димитрий именовался Великим Князем Владимирским и Московским; но двор благоговел пред Софиею, удаляясь от Елены и сына ее: ибо предвидели будущее. Мог ли Иоанн, столь счастливо основав единовластие в России, предать ее по своей кончине в жертву новому, вероятному междоусобию двух Князей Великих, сына и внука? Могла ли и София быть спокойною, не свергнув Димитрия? Одним словом, его падение казалось уже необходимым. – Псковитяне, с удивлением и неудовольствием сведав, что Иоанн дал им Государя особенного, Послали к нему знатнейших чиновников, жаловались на такую новость и молили, чтобы Димитрий, как будущий наследник Российской Державы, остался и Главою земли их. Великий Князь с гневом ответствовал: «Разве я не волен в моем сыне и внуке? Кому хочу, тому и дам Россию. Служите Василию». Послов заключили в башню, но скоро освободили.
Сие время без сомнения было самым печальнейшим Иоанновой жизни: однако ж Монарх являл и тогда непрестанную деятельность в отношениях государственных. В Шамахе господствовал Султан Махмут, внук Ширван-Шаха, данника Тамерланова и сыновей его. Слабость и бедствия их преемников, смерть завоевателя Персидского, Узун-Гассана, и малодушие его наследников возвратили независимость сей стране Каспийской. Махмут, величаясь достоинством Монарха, желал иметь любовь и дружбу с Государями знаменитыми, каков был Иоанн. Он прислал в Москву Вельможу своего, Шебеддина, с учтивыми и ласковыми словами, на которые ответствовали ему такими же; но Государь не счел за нужное отправить собственного Посла в Шамаху, сведав, может быть, о завоеваниях Измаила Софи, мнимого потомка Алиева, который около сего времени назвался Шахом, овладел Ираном, Багдадом, южными окрестностями моря Каспийского и сделался основателем сильной Державы Персидских Софиев, во дни отцев наших уничтоженной Тахмасом-Кулы Ханом.
Тогда же Иоанн посылал в Венецию грека Дмитрия, Ралева сына, с Митрофаном Карачаровым, и к Султану Баязету Алексея Голохвастова, с коим отправились многие наши купцы в Азов рекою Доном (они грузились на Мече у Каменного Коня). Голохвастов, имея учтивые письма к Баязету и к сыну его, Магмеду Шихзоде, должен был исходатайствовать разные выгоды Московским торговым людям в Баязетовых владениях и сказать Пашам Султанским следующие слова: «Великий Князь не ведает, чем вы обвиняете бывшего у вас Российского Посла Михаила Плещеева; но знайте, что многие Государи шлют Послов к нашему, чтущему и жалующему их ради своего имени: Султан может в том удостовериться опытом». Голохвастов через несколько месяцев возвратился с ответными грамотами от Баязета и Шихзоды: Последний присылал из Кафы в Москву и собственного чиновника, который обедал у Великого Князя. Но дело шло, как и прежде, единственно о безопасной и свободной торговле.