Между тем гонение на Греческую Веру в Литве продолжалось. Киевского Митрополита Макария (в 1497 году) злодейски умертвили Перекопские Татары близ Мозыря: Александр обещал Первосвятительство Иосифу Смоленскому. В угодность ему сей честолюбивый Владыка, Епископ Виленский Альберт Табор и Монахи Бернардинские ездили из города в город склонять Духовенство, Князей, Бояр и народ к соединению с Римскою Церковию: ибо по смерти Киевского Митрополита Григория Святители Литовской России, отвергнув устав Флорентийского Собора, не хотели зависеть от Папы и снова принимали Митрополитов от Патриархов Константинопольских. Иосиф доказывал, что Римский Первосвятитель есть действительно глава Христианства; Виленский Епископ и Бернардины вопили: «Да будет едино стадо и един Пастырь!» Александр грозил насилием: Папа в красноречивой Булле изъявлял свою радость, что еретики озаряются светом истины, и присылал в Литву мощи Святых. Но ревностные в Православии Христиане гнушались Латинским соблазном, и многие выехали в Россию. Знатный Князь, Симеон Бельский, первый поддался Государю Московскому с своею отчиною: за ним Князья Мосальские и Хотетовский, Бояре Мценские и Серпейские; другие готовились к тому же, и вся Литва находилась в волнении. Принимая к себе Литовских Князей с их поместьями, Иоанн нарушал мирный договор; но оправдывался необходимостию быть покровителем единоверцев, у коих отнимают мир совести и душевное спасение.

Видя опасность своего положения, Александр прислал в Москву Наместника Смоленского, Станислава, написав в верющей грамоте весь Государев титул и требуя, чтобы Иоанн взаимно исполнил договор, удовлетворил всем жалобам Литовских подданных и выдал ему Князя Симеона Бельского вместе с другими беглецами, коих он будто бы никогда не мыслил гнать за Веру и которые бесстыдным образом на него клевещут. «Поздно брат и зять мой исполняет условия, – ответствовал Великий Князь, – именует меня наконец Государем всей России; но дочь моя еще не имеет придворной церкви и слышит хулы на свою Веру от Виленского Епископа и нашего отступника, Иосифа. Что делается в Литве? строят Латинские божницы в городах русских; отнимают жен от мужей, детей у родителей и силою крестят в Закон Римский. То ли называется не гнать за Веру и могу ли видеть равнодушно утесняемое Православие? Одним словом, я ни в чем не преступил условий мира, а зять мой не исполняет оных».

Новые измены устрашили Александра. Князь Иван Андреевич Можайский и сын Шемякин, Иван Димитриевич, непримиримые враги Государя Московского, пользовались в Литве отменною милостию Казимира, так, что он дал им в наследственное владение целые области в южной России: первому Чернигов, Стародуб, Гомель, Любеч; второму Рыльск и Новгород Северский, где, по смерти сих двух Князей, господствовали их дети: сын Можайского, Симеон, и внук Шемякин, Василий, верные присяжники Александра до самого того времени, как он вздумал обращать Князей и народ в Латинство. Сие безрассудное дело рушило узы любви и верности, соединявшие Государя с подданными. Следуя примеру Бельского, Симеон и Василий Ивановичи, забыв наследственную вражду, предложили Великому Князю избавить их и подвластные им города от Литовского ига. Тогда Иоанн решился действовать силою против зятя: Послал чиновника, именем Телешева, объявить ему, чтобы он уже не вступался в отчину Симеона Черниговского, ни Василия Рыльского, которые добровольно присоединяются к Московской Державе и будут охраняемы ее войском. Телешев должен был вручить Александру и