Скоро по отъезде Анны донесли Государю о важном заговоре. Дьяк Федор Стромилов уверил юного Василия, что родитель его хочет объявить внука наследником: сей Дьяк и некоторые безрассудные молодые люди предлагали Василию погубить Димитрия, уйти в Вологду и захватить там казну Государеву. Они втайне умножали число своих единомышленников и клятвою обязались усердно служить сыну против отца и Государя. Иоанн, узнав о том, воспылал гневом. Обвиняемых взяли в допрос, пытали и, вынудив от них признание, казнили на Москве-реке: Дьякам Стромилову и Гусеву, Князю Ивану Палецкому и Скрябину отсекли голову: Афанасию Яропкину и Поярку ноги, руки и голову; многих иных Детей Боярских посадили в темницу и к самому Василию приставили во дворце стражу. Гнев Иоаннов пал и на Софию: ему сказали, что к ней ходят мнимые колдуньи с зелием; их схватили, обыскали и ночью утопили в Москве-реке. С того времени Государь не хотел видеть супруги, подозревая, кажется, что она мыслила отравить ядом невестку Елену и Димитрия. В сем случае Наместник Московский, Князь Иван Юрьевич, и Воевода Симеон Ряполовский действовали явно как ревностные друзья Иоаннова внука и недоброжелатели Софиины.

Елена торжествовала: Великий Князь немедленно назвал ее сына своим преемником и возложил на него венец Мономахов. Искони Духовные Российские Пастыри благословляли Государей при восшествии их на престол, и сей обряд совершался в церкви; но древние Летописцы не сказывают ничего более: здесь в первый раз видим Царское венчание, описанное со всеми любопытными обстоятельствами. В назначенный день Государь, провождаемый всем Двором, Боярами и чиновниками, ввел юного, пятнадцатилетнего Димитрия в Соборную церковь Успения, где Митрополит с пятью Епископами, многими Архимандритами, Игуменами, пел молебен Богоматери и Чудотворцу Петру. Среди церкви возвышался амвон с тремя седалищами: для Государя, Димитрия и Митрополита. Близ сего места лежали на столе венец и бармы Мономаховы. После молебна Иоанн и Митрополит сели: Димитрий стоял пред ними на вышней степени амвона. Иоанн сказал: «Отче Митрополит! издревле Государи, предки наши, давали Великое Княжество первым сынам своим: я также благословил оным моего первородного, Иоанна. Но по воле Божией его не стало: благословляю ныне внука Димитрия, его сына, при себе и после себя Великим Княжеством Владимирским, Московским, Новогородским: и ты, отче, дай ему благословение». Митрополит велел юному Князю ступить на амвон, встал, благословил Димитрия крестом и, положив руку на главу его, громко молился, да Господь, Царь Царей, от Святого жилища Своего благоволит воззреть с любовию на Димитрия; да сподобит его помазатися елеем радости, приять силу свыше, венец и скипетр Царствия; да воссядет юноша на престол правды, оградится всеоружием Святого Духа и твердою мышцею покорит народы варварские; да живет в сердце его добродетель, Вера чистая и правосудие. Тут два Архимандрита подали бармы: Митрополит, ознаменовав Димитрия крестом, вручил их Иоанну, который возложил оные на внука. Митрополит тихо произнес следующее: «Господи Вседержителю и Царю веков! се земный человек, Тобою Царем сотворенный, преклоняет главу в молении к Тебе, Владыке мира. Храни его под кровом Своим: правда и мир да сияют во дни его; да живем с ним тихо и покойно в чистоте душевной!..» Архимандриты подали венец: Иоанн взял его из рук Первосвятителя и возложил на внука. Митрополит сказал: «Во имя Отца и Сына и Святого Духа!»