В XVII веке по вступлении на престол царя Михаила Федоровича монастырь был возобновлен, и этот царь очень любил обитель и часто посещал ее. Тому же примеру следовал и царь Алексей Михайлович. Посещая обитель, они давали ей и жалованные грамоты на владение вотчинами, землями, рыбными реками и разными угодьями. Таковые же грамоты давались Угрешскому монастырю еще и раньше: давали их царь Иван IV Васильевич и Борис Годунов. Судя по таким царским милостям, можно думать, что в те времена Николо-Угрешский монастырь находился в цветущем состоянии. Однако он пришел почему-то в упадок: начиная с XIX столетия вплоть до 1840 года монастырь находился в бедном положении, и в 1835 году братии в монастыре было всего 8 человек.
Новый период существования начался для обители с 1850 года, когда появился один из преданнейших сынов церкви, особенно расположенный к Угрешской обители. Это — известный архимандрит Пимен. Он еще юношей поступил в монастырь послушником и, не переходя из него в другие монастыри, прожил в нем до конца своей жизни. При нем благодаря его собственному усердию и усердию московского купца Павла Матвеевича Александрова обитель обстроилась, украсилась и приведена в блестящее положение. При отце Пимене Угрешский монастырь переименован из штатного в общежительный, для каковой цели купец Александров купил в Москве дом, приносящий монастырю весьма значительный доход[363]. Теперь в монастыре семь церквей. 1) Соборная, увенчанная одной главой, 80 имя святителя Николая, где находится чудотворный образ святителя, явившийся великому князю Дмитрию Ивановичу; образ весьма богато украшен золотой ризой и каменьями[364]. 2) Успения Божьей Матери с приделом Марии Египетской. 3) Св. мученицы Параскевы и апостола Матфея, трапезная. Тут хранится гроб преподобного Николы Святоши, привезенный из Киева одной боярыней. 4) Св. Иоанна Крестителя, во втором ярусе колокольни, которая имеет 6 ярусов и высотой в 37 саженей. Церковь эта возобновлена в 1840 году. 5) Божьей Матери всех Скорбящих Радости с особенной при ней колоколенкой, больничная. Она освящена в 1860 году. Тут есть икона письма А. Рублева. 6) Казанская церковь. Находится в юго-восточном углу монастыря, между первым и вторым братским корпусами; при ней богадельня на 50 человек. 7) Преображенский собор. Находится вблизи Николаевского собора, заложен в 1880 году. При монастыре скит с церковью во имя св. апостолов Петра и Павла. В этот скит (Петропавловский, построенный в 1857 г.) женщинам вход воспрещен, исключая 26 мая и 29 июня