В 2004 г. возобновились планы сооружения магистрали. «Строительство ВСМ еще никто не отменял, – заявлял председатель Комитета по инвестициям и стратегическим проектам правительства Санкт-Петербурга в 2005 г. Максим Соколов. – В настоящее время инвесторы (ФГУП «ВПК-Инвест» и ООО "СК Бриз". – Прим. авт.) занимаются поиском земельного участка под строительство вокзала ВСМ». Губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко также отметила, что займет «жесткую позицию в вопросе продолжения строительства магистрали».
В создании магистрали заинтересовано и главное железнодорожное предприятие страны ОАО «Российские железные дороги» (РЖД). ОАО «РЖД», РАО «ВСМ» и ЗАО «Трансмашхолдинг» приняли решение о создании компании, которая займется подготовкой инженерного проекта магистрали. Как компании-участники поделят акции новой компании, пока не известно. Как заявил глава Министерства транспорта Игорь Левитин, «участие РАО «ВСМ» в этом проекте было принципиальным, и РЖД с этой позицией согласились». По словам министра, основная ценность ВСМ состоит в земельных участках, которые находятся на балансе компании. «Если вновь заняться землеотводом, можно потерять годы», – считает министр. Завершить работы стоимостью 85—100 млн долл. планировалось к концу 2007 г., а строительство самой магистрали – еще через пять лет.
Пока проект находится на бумаге, РЖД уже решает проблему скорости передвижения на линии Москва—Санкт-Петербург. По заявлению президента ОАО «Российские железные дороги» Владимира Якунина, РЖД планирует обеспечить курсирование пассажирских поездов между двумя столицами за 3 ч. 50 мин., а в последующем – за 3 ч. 30 мин. А помогут в этом российским железнодорожникам заграничные коллеги. Благодаря внедрению их технических решений поезда на участке Москва—Санкт-Петербург смогут развивать скорость до 250 км/ч.
Кроме территории от Московского вокзала до Перцова дома внимание застройщиков-инвесторов привлекает и зона станции Московская—Товарная – обширные территории между Лиговским и Невским проспектами, Обводным каналом и площадью Восстания. Сюда угодили и относительно благополучный ансамбль Александро-Невской лавры, и совсем неказистые прирельсовые строения – все окрестности железной дороги с обликом, искаженным ее влиянием. К товарным складам и хоздворам издавна тяготели разные предприятия, лепился мелкий бизнес, а после открытия таможенного терминала двинулся большегрузный автотранспорт. Все это создало больную городскую среду, в которой разрушаются архитектурные и культовые памятники. А в ветхом жилом фонде еще живут люди.
В Монастырский сад вклинились неуместные предприятия акционерных обществ «Кедр» и «Сосна». Ансамбль церкви Федоровской иконы Божьей Матери, несмотря на арбитражную победу городских властей, все еще занят заводом «Петмол», со стороны Лиговки к железной дороге примыкают предприятия ОАО «Буммаш» и завод лимонной кислоты, в исторических пакгаузах купцов Кокоревых – склады ЗАО «Скам».
С этой «непроницаемой» территорией площадью не менее 300 га были связаны планы развития городской среды. Предлагается для начала проложить проезд вдоль Перцова дома до Транспортного переулка, вынести предприятия и преобразовать всю среду до сада Сан-Галли (Лиговский пр., 60–62) с учетом строительства путепровода по эстакаде от улицы Черняховского до Кременчугской, предназначенного для перемещения транспорта прямо от Атаманского моста на Обводном канале до набережной Невы в створе площади Александра Невского, минуя все перегруженные перекрестки Невского, Лиговского и Суворовского проспектов.