Партизан, нуждавшихся в стационарном госпитальном лечении, привозили под видом местных жителей в гражданские больницы (если они функционировали в зоне действия партизанского отряда), где вверяли заботам медицинского персонала, связанного с партизанским движением.

В 1942 г. окончательно сложилась четкая система медицинского обеспечения партизанских частей (отрядов) и соединений. Общее руководство медицинским обеспечением партизанских формирований осуществлял санитарный отдел центрального штаба партизанского движения, начальником которого был назначен народный комиссар здравоохранения БССР М.И. Коваленок.

С возникновением партизанских соединений, объединивших партизанские отряды и группы, наиболее характерным видом которого стала бригада, появилась возможность создать более или менее унифицированную организационную структуру их медицинской службы.

В каждом соединении создавался подвижной партизанский госпиталь на 50-100 мест, имевший хирургическое, терапевтическое отделения и изолятор для инфекционных больных. При госпитале предусматривалась также организация амбулатории (приемного покоя) для врачебного осмотра поступающих или приходящих за медицинской помощью раненых и больных партизан.

Раненым и больным партизанам, поступившим в партизанский госпиталь, обеспечивались оказание квалифицированной (хирургической и терапевтической) помощи и госпитальное лечение. Партизаны, нуждающиеся в специализированной медицинской помощи и длительном лечении, готовились к дальнейшей эвакуации за линию фронта.

В бою медицинский пункт («санитарная часть») отряда имел задачу оказывать раненым первую врачебную, а при отсутствии врача - доврачебную помощь. Затем все раненые, нуждающиеся в оказании квалифицированной медицинской помощи и госпитальном лечении, подлежали эвакуации в подвижной госпиталь партизанского соединения. Носилочных раненых обычно отправляли на повозках, а зимой - на санях по хорошо скрытым от воздушного наблюдения лесным партизанским маршрутам.

При широком распространении на оккупированной немецко-фашистскими войсками территории эпидемии сыпного тифа среди местного населения оградить партизанские формирования от заноса инфекции было практически невозможно. В бригадах, где выявлялись больные сыпным тифом, строили землянки-изоляторы, а при размещении партизан в населенных пунктах оборудовали изоляторы в крестьянских избах. Все желающие стать партизанами сразу же по прибытии в отряд подвергались 2- недельному карантину. Ежедневно в подразделениях происходил санитарный осмотр всех партизан на педикулез. Регулярно производилось мытье в банях, построенных в районах расположения партизанских формирований, и в местных крестьянских банях. Для дезинсекции одежды были оборудованы примитивные дезинфекционные камеры, преимущественно сухожарового типа.

Больные сыпным тифом партизаны немедленно госпитализировались в инфекционное отделение госпиталя партизанского соединения. Все подозрительные на это заболевание помещались в изолятор. Иногда для госпитализации и лечения больных сыпным тифом в «партизанском крае» организовывали инфекционные госпитали (больницы).